Alapításának idejét tekintve sorrendben a 29. egyetemnek számított a középkori Európában a 650 évvel ezelőtt életre hívott első magyar univerzitás, a jubiláló Pécsi Tudományegyetem. Baranya ősi oktatási központjának megszervezésére több mint két évszázaddal a kontinens legelső egyetemének, a bolognainak a megnyitása (1158) után került sor. A Nagy Lajos király által kezdeményezett, s V. Orbán pápa által engedélyezett felsőfokú oktatási centrum 1367-es létrehozása megelőzte többek közt a Heidelbergi és a Kölni Egyetem indulását (1385). A pécsi univerzitás nem volt azonban teljesen egyenrangú példának okáért az 1257-ben indított párizsi Sorbonne-nal, mert az utóbbinál a hittudományok oktatását is engedélyezte az egyházfő. Az első honi „studium generale” korlátozott jogosítványával távolról sem állt azonban egyedül Európában: Bologna, Padova és Pisa egyetemei a megalakulásukat követően több évtizedig szintén nem nyithattak teológiai fakultást. A hajdani pécsi tudósgyár, ahol a diákok vélhetően ugyanúgy földre terített szalmán ültek, mint társaik a hasonló külföldi scholákban, valamikor a török uralom kezdete előtt szűnt meg – a pontos dátum azonban nem ismert.

A tudományegyetemek száma a korai reneszánsz időszakától folyamatosan emelkedett Európában. A XIII. század végén 20, egy évszázaddal később 25, újabb évszázad múltán 30 univerzitás működött a kontinensen. A XVI. században pedig számuk megduplázódott. A külföldi egyetemekre beiratkozó magyar tanulók közül a katolikusok az 1500-as évektől elsősorban a Habsburg Birodalom felsőfokú tanintézményeit látogatták, a protestánsok pedig a német, az angol, a holland és a svájci iskolákat. Az egyetemeken általában négy fakultás – jogi, orvosi, teológiai és bölcsészeti – működött. Az első három kar elvégzésének az volt az előfeltétele, hogy a diák sikeresen fejezze be bölcsészettudományi tanulmányait.

A második magyarországi tudományegyetemet Óbudán Zsigmond király alapította 1395-ben, a harmadikat pedig Pozsonyban (1465) Hunyadi Mátyás. E két univerzitás működéséről nem sokat tudni, leszámítva például azt, hogy Zsigmondot óbudai egyetemi tanárok is elkísérték 1414-ben a konstanzi zsinatra, ahol Husz Jánost halálra ítélték. E két intézmény rövid életűnek bizonyult, ellentétben a Pázmány Péter által 1635-ben életre hívott nagyszombatival, amit ma egyidejűleg két pesti egyetem is az elődjének tekint.

A felsőfokú tanintézmények számának XVI–XVII. századi gyors felfutása elsősorban a reformáció és az ellenreformáció küzdelmével függött össze. Számos protestáns egyetem alapítására a jezsuita rend a saját univerzitásainak megnyitásával válaszolt. A negyedik középkori magyar univerzitást, a háromfakultásos nagyszombati egyetemet több mint egy évszázadon át ugyancsak a Jézus Társasága Rend működtette. Az intézményt később Mária Terézia átszervezte, majd átköltöztették Pestre. A Pázmány Péter Tudományegyetemet 1950-ben Eötvös Loránd Tudományegyetemmé keresztelték át. Az egykori nagyszombati schola hivatalos jogutódjának mindmáig az ELTE számít, szellemi örökösének viszont inkább az 1992-ben gründolt Pázmány Péter Katolikus Tudományegyetem tekinthető.