A mocsári békának zavartalan, természetes állapotú élőhelyre van szüksége. Sikeres szaporodása a tavaszi vízviszonyokon múlik. Az utóbbi évek aszályos tavaszai miatt egyedszáma csökkent. A nedves, de nem túlzottan magasan fekvő élőhelyekhez, például: az alföldi Turjánvidék, Szatmár-Bereg lápjai, a Kis-Balaton vagy a Tisza és a Dráva ártéri erdőségeihez kötődik. Kifejlett korában a szárazföldön tartózkodik. Főleg éjszaka és esős időben, vagy a hajnali harmattól nedves növényzetben vadászik. Gerinctelen állatokkal táplálkozik.

A mocsári békák hímjei csupán néhány napra öltenek kék nászruhát. A kék szín kiterjedése és intenzitása egyedenként változó, de valószínűleg nem a hímek rátermettségét jelzi. A feltűnő külső inkább arra szolgálhat, hogy a hímek messziről felismerjék egymást a sűrű szaporodási gyülekezetekben, és ne egymással próbáljanak párba állni. Az élőhelyükről kiemelt hímek órák leforgása alatt visszabarnulnak.

A faj védelméhez a lakosság is hozzájárulhat. Az MME Kétéltű- és Hüllővédelmi Szakosztálya vár minden mocsári békával, és egyben kétéltűvel és hüllővel kapcsolatos észlelést (lehetőleg fényképpel) az Országos Kétéltű- és Hüllőtérképezés Program honlapjára. A feltöltött észlelések révén pontosabb kép rajzolódhat ki az országban élő kétéltűk és hüllők természetvédelmi helyzetéről.