A rendszerváltozáskor létrejött 1956-os Intézetet, amely kiadványaival, köztük az évkönyvekkel rengeteget tett a forradalom és általában a legújabb kori magyar történelem feltárásáért, kezdettől érték olyan bírálatok jobboldali körökből, hogy liberális, és nem eléggé „nemzeti” szempontból vizsgálódik. Az intézetet a Veritasba tagolták, Rainer M. a hvg.hu-nak a beszántást követően azt mondta, ez a történet ott és akkor véget ért. „Ugyanaz történik velünk most, mint amit az MTA kutatóintézeteivel szándékozik tenni a kormány. El kell taposni mindazokat, akik nem az udvartartáshoz tartoznak, meg kell szüntetni a szabadság köreit.”

Rainer M. a Mozgó Világ nyári számának adott interjút, a beszélgetés végén pedig azt mondta:

formálódik már a Valódi 1956-is Intézet terve, ezt jelenthetem.

De a történész kapott ajánlatot a Wesley János Főiskolától is, hogy a következő konferenciájukon töltsenek ki egy panelt, mondják el, épp mivel foglalkoznak a kutatók. „Lesz egy motiváció egyrészt arra, hogy dolgozzunk, és lesz egy pluszmotiváció, hogy itt megint együtt lehetünk.”

Miután az '56-os Intézetet beszántották, az akkor Ecuadorban tartózkodó Alföldi Róbert is üzent, azt írta Rainer M. Jánosnak és társainak, hogy „az egyenes gerinc megnyugvást ad”. A történész erre reagálva most úgy fogalmazott, meghatódtak, de egy kicsit el is szomorodtak. „Mert azt írta, hogy látja az elszánást a közös folytatásra, de elárulja, hogy nem fog sikerülni, mert nekik sem sikerült, a Nemzeti Színház akkori társulatának.” A történész úgy véli, ebben igaza van Alföldinek, úgy együtt, ahogy eddig tették, tényleg nem tudják folytatni. „Ennek így vége.” Szervezetük már nincs, nem is lesz, a kérdés az, hogy az 1956-os Intézet szellemi és emberi közösség is volt-e, s ha igen, az mire lesz elég a jövőben.