A becslés során az APEH-nak figyelembe kell vennie az adózó bizonyítékait  és indokolnia, ha nem fogadja el azokat. Ugyanez vonatkozik az adózó bizonyítási indítványára is: vagyis indok nélkül nem utasíthatja el azt az adóhatóság. A társasági adó megállapítása során kerül sor, bizonylatok hiányában az adóhatóság a fizetendő adót a tényleges eladási ár, a levonható adót a tényleges beszerzési ár alapján saccolja. Ezek hiányában a forgalmi érték, vagy az árképzési szabályok szerint kalkulált ár, illetőleg a szokásos piaci ár és a vonatkozó adómérték alapján állapítja meg.

Az APEH-nak meg kell jelölnie azt is, hogy milyen árra vagy értékre alapozta az adó alapjának megállapítását. A megjelölt árat vagy értéket hitelt érdemlő adatokkal alákell támasztania. Az áfánál a levonható adót az adóhatóság becsléssel abban az esetben állapíthatja meg, ha a bizonylatok hiánya elháríthatatlan külső okra vezethető vissza. Ezzel kapcsolatosan azonban olyan megkötést is tartalmaz a törvény, mely szerint a levonható adónál a csak abban az esetben alkalmazható becslés, ha a bizonylatok hiányát természeti-, illetőleg az adózó érdekkörén kívül álló okból bekövetkező katasztrófa okozta. Ebbe a fogalomkörbe kizárólag a vis maior érthető, vagyis a különféle, az ember által elháríthatatlan külső ok, mint pl. a tűzeset, árvíz.