Az új jogszabály azt a 2006-os rendeletet módosítja, amely a 2007-2013. közötti időszakban az Európai Regionális Fejlesztési Alapból, az Európai Szociális Alapból és a Kohéziós Alapból származó támogatások felhasználásának eljárását szabályozza. A módosítás új fogalomként vezeti be a "közlekedésfejlesztési tárgyú, közcélú, kiemelt projektjavaslatot". Ez a Közlekedési Operatív Programban megvalósítandó olyan projekt, amelynek a támogathatóságáról a kormány döntött. Maga a rendelet leírja, hogy miképpen kell kiválasztani a támogatandó projekteket, de a módosítás az előbbi közlekedési projekteket kiveszi ezen szabályok alól. Ezek közül a Közlekedés Operatív Program Monitoring Bizottsága által jóváhagyott eljárási szabályok szerint választják ki a támogatandókat.
   
Az általános kiválasztás úgy működik, hogy a pályázatokat értékelik, majd egy bíráló bizottság véleményt mond (döntési javaslatot készít) amit a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ) hagy jóvá. Egy új paragrafus olyan jogelveket sorol fel, amelyeknek automatikusan érvényesülniük kellene a jogi eljárások során. Például kimondja, hogy a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség előtti eljárásokban az egyenlő bánásmód követelményét meg kell tartani, vagy hogy a projektgazdákat megilleti a tisztességes ügyintézéshez és a jogszabályban meghatározott határidőben hozott döntéshez való jog.
   
Az 50 millió feletti projekteket két értékelő minősíti, és az általuk adott pontszámok számtani átlaga lesz a végső érték. Ez eddig is így volt, de az NFÜ az 50 milliósnál kisebb projekteknél is előírhatta a két értékelőt. Erre ezentúl nem lesz mód, a kisebb fejlesztéseket egy értékelő minősíti. Szintén új szabály, hogy ha a bíráló bizottság nem fogadja el az értékelést, akkor újat rendelhet el, de maga is újra értékelheti a pályázatokat. A bíráló bizottság javaslatát az NFÜ hagyja jóvá, de meg is változtathatja azt. A bírálók értékelését tehát előbb a bizottság, majd az NFÜ írhatja felül. Az 5 milliárd forintnál többel támogatott projekteknél az NFÜ csak továbbítja a javaslatát a kormánynak, amely kezében a döntés van.
   
A megítélt támogatásra szerződést kell kötni, a szerződéskötés azonban a támogatott kérésére 45 nappal elhalasztható, sőt ha nyomós indoka van, akkor 90 nap a türelmi idő. Viszont ha ezen idő alatt sem írta alá a szerződést a támogatott, és a halasztásról ő maga tehet, akkor elveszíti a támogatást. Új szabály a rendeletben az is, hogy a támogatási szerződést akkor lehet megkötni, ha a projekt megvalósítása elkezdhető. Kezdésnek minősül az is, ha az indításhoz szükséges közbeszerzési eljárás haladéktalanul elindítható.