Három egyházpolitikai koncepció is készült a Medgyessy-kormány különböző műhelyeiben, ami azt erősítette, hogy a ciklus első részének konfliktuskerülésre épülő egyházpolitikája a gyakorlatban inkább tétovasággal és a döntések halogatásával párosult. Gyurcsány Ferenc kormánya nem riadt vissza az egyházakkal való nyílt konfliktusok vállalásától, ám következetlennek bizonyult: a támogatási reformok ad hoc jellegűek maradtak.

HVG

Fennmaradt a "kézből etetésnek" az Orbán-kormány idején sokat bírált gyakorlata - például, hogy az ötezernél kevesebb lakosú településeken szolgáló lelkészek állami fizetéskiegészítést kapnak -, a semlegesebb jogcímeken járó támogatások karbantartása viszont elmaradt. A volt egyházi ingatlanok tulajdonjogi rendezésére szánt keret például a ciklus elején 7 milliárd forintra emelkedett, majd 4,5 milliárd forintra csökkent. Négy év alatt 400 ingatlan ügye rendeződött (közel hétszáz vár lezárásra). A bejegyzett egyházak száma négy év alatt 103-ról 127-re gyarapodott. A személyi jövedelemadójuk 1 százalékát az egyházaknak felajánlók száma 625-649 ezer között ingadozott, és a támogatási sorrend is beállt. A három nagy egyház osztozott a felajánlott pénzek döntő többségén: a katolikusok kapták a felajánlások 62 százalékát, a reformátusok 20, az evangélikusok 6 százalékot. Rajtuk kívül csak a Hit Gyülekezetének, a Magyarországi Zsidó Hitközségek Szövetségének és a Krisna-tudatúak közösségének sikerült jelentősebb, 30 milliónál több felajánlást szereznie. Az állam korábban az szja-felajánlásokat az összes szja-bevétel 0,5 százalékára egészítette ki, ez az arány ebben a ciklusban 0,9 százalékra, - 5 milliárd forintról közel 12 milliárd forintra - emelkedett. Az egyházi oktatási intézményekbe jár a diákok 5,5 százaléka, ez 1 százalékos növekedést jelent. A közszolgálati tévécsatornák programjában csökkent a vallási műsorok ideje: a 2002 márciusi 4,3 százalékról 2,1 százalékra.