szerző:
hvg.hu

A Wellcome Trust Sanger intézet „World Trace Archive” nevű, DNS-szekvenciákat nyilvántartó adatbázisának mérete nemrégiben elérte az egymilliárd rekordot.

DNS-spirál. Robot olvassa ki
a kódokat
Az Oracle adatbázis-technológiájára alapuló Trace Archive a világ tudományos közössége által felkutatott és közreadott összes génszekvencia gyűjteménye, amely tartalmazza a génkutatásban vezető Sanger intézet saját, hatalmas mennyiségű kutatási eredményeit is. A Cambridge határában található kutatási központ 850 alkalmazottat foglalkoztat, akik gigantikus mennyiségű adatot kezelnek.

Az archívumban tárolt adatok mennyiségéről tán mond valamit,ha egyetlen szövegsorban lennének leírva, az 250-szer körbeérné a Földet. Ha e szöveget A4-es papírlapokra nyomtatnák, a lapok kötegei két és félszer magasabbra tornyosulnának, mint a Mount Everest. Az archívum 22 terabájt nagyságú, és mérete minden hónapban megduplázódik: ez valószínűleg Európa, vagy talán a világ legnagyobb tudományos adatbázisa. Összehasonlításképpen: a British Library 13 millió tételt tartalmaz, az amerikai kongresszusi könyvtár 115 milliót, míg a Trace Archive egymilliárd különálló információs egységet tárol.

Szekvenciák és nyomok

Fluoreszkáló anyaggal jelölik meg  a genetikai kód minden egyes „betűjét” (az úgynevezett bázisát) a DNS-szekvenciák meghatározásánál . A szekvenciát robotok olvassák ki, amelyek az egyes bázisokat a vörös, zöld, sárga vagy kék fluoreszcens fény mérési értékének csúcsaként érzékelik. A bázisoknak ez a leképezése a „nyom”.

Egy-egy ilyen nyers adatfájl nagyjából 200 KB méretű. A nyomot a robot szoftvere értelmezi, és hozzárendeli a megfelelő betűket (szaknyelven: „behívja” a bázisokat). A szekvenciát így kereshető karaktersorozattá alakítja. A közel egybillió karakterben történő kereséshez (egymilliárd rekord átlagosan 864 bázisról, továbbá néhány korábbi verziójú régebbi rekord) egyre gyorsabb programokra van szükség.

Az egyes genetikai adatrekordok átlagosan 864 karakter hosszúságúak. A tudósok a génszekvenciák között kereshetnek, és egymáshoz illeszthetik azokat a különböző élőlények (egerek, halak, legyek, baktériumok és persze az ember) teljes géntérképének összeállításához. Az adatok a világ bármely pontjáról korlátozás nélkül hozzáférhetők a génkutatók és szakemberek számára, akik egy adott betegség vagy gén tanulmányozása során könnyen letölthetik az adott területhez kapcsolódó már feltárt genetikai információt. Az egészség és a betegségek biológiai hátterét tanulmányozó tudományos és kereskedelmi szervezetek orvosbiológus kutatói aktívan használják ezeket az adatokat.

Martin Widlake, a Wellcome Trust Sanger intézet adatbázis-szolgáltatásokért felelős igazgatója elmondta, hogy: „A Trace Archive 22 ezer gigabájtos méretével a világ tíz legnagyobb UNIX-adatbázisa között van. Az adathalmaz növekedésével egyre nagyobb problémát jelent az adatok elérése. Az egész adatbázisból egy adott génszekvenciát előkeresni olyan, mintha egyetlen mondatot keresnénk a British Library anyagában, ami meglehetősen munkaigényes feladat. A Sanger intézet csapata mindamellett olyan új módszereken dolgozik, amelyek könnyebbé teszik az adatok keresését és elérését.”

Ezt a hatalmas mennyiségű adatot egy Oracle Database 10g adatbázis kezeli. A feldolgozott adatokat négy HP ES45 szerverből álló számítógép fürt tölti fel az adatbázisba. A Winter Corporation 2005-ös, adatbázisokról készült felmérése szerint (amely a világ legnagyobb adatbázisait sorolja fel) a Trace Archive az ötödik helyezést éri el olyan óriások mögött, mint az AT&T, a Yahoo és egyéb globális vállalatok.

Állj mellénk!

Tegyünk közösen azért, hogy a propaganda mellett továbbra is megjelenjenek a tények!

Ha neked is fontos a minőségi újságírás, kérjük, hogy támogasd a munkánkat.

Állj mellénk!

Tegyünk közösen azért, hogy a propaganda mellett továbbra is megjelenjenek a tények!

Ha neked is fontos a minőségi újságírás, kérjük, hogy támogasd a munkánkat.
ATV Tech

DNS-vadászattal kutatják az emberiség eredetét

Egy izgalmas kutatás segítségével hamarosan pontos információink lehetnek arról, hogyan mozogtak a különböző népcsoportok a Földön. Valóban létezett-e Ádám és Éva? Hogyan lehetséges, hogy minden emberben kimutathatóak ugyanazok a génsorozatok? Ezekre és még egy sor további kérdésre keresi a választ a világ eddigi legátfogóbb tudományos kísérlete.

Meixner Zoltán (hvg.hu) Tech

A mobiltelefonok lerombolják a testi sejteket és károsítják a DNS-t

A mobiltelefonok rádióhullámai lerombolják a testi sejteket és károsítják a DNS-t – áll a Verum nevű német kutatóintézet által vezetett vizsgálatot összefoglaló tanulmányban. A eredményeket elsősorban az Európai Unió országaiban készült kutatások szolgáltatták.

MTI Világ

DNS-teszt döntött a kilenc anyajelölt között

Visszakapták szerdán szülei "Baby 81"-et, azt a négyhónapos Srí Lanka-i csecsemőt, aki csodával határos módon élte túl a december 26-i cunamit. A DNS-teszt révén derült ki, hogy ők az igazi szülők.

MTI Világ

DNS-vizsgálattal a cunami-túlélő kisgyermekért

DNS-vizsgálatot rendelt el a bíróság abban az anyasági perben, amely szerdán indult Srí Lankán egy cunami-túlélő kisgyermek ügyében, miután csodás életben maradását követően kilenc nő jelentkezett a hatóságoknál a "81-es gyermek" anyjaként.

Lőttek a boldog békeidőknek: Trump döntése őrült fegyverkezési versenyt hozhat

Lőttek a boldog békeidőknek: Trump döntése őrült fegyverkezési versenyt hozhat

A fél világ bedőlt egy görög tudósnak, a botrány már elérte a Barbie-kat is

A fél világ bedőlt egy görög tudósnak, a botrány már elérte a Barbie-kat is

Béremelésről tárgyalna a BKV-val a szakszervezet, de még a kánikulapénzt se fizették ki

Béremelésről tárgyalna a BKV-val a szakszervezet, de még a kánikulapénzt se fizették ki

Epstein egyik áldozata szerint András herceggel is le kellett feküdnie

Epstein egyik áldozata szerint András herceggel is le kellett feküdnie

Lökdösték őket, megpróbálták megakadályozni, hogy az MSZP-sek a Suzuki-gyárnál tüntessenek

Lökdösték őket, megpróbálták megakadályozni, hogy az MSZP-sek a Suzuki-gyárnál tüntessenek

Hatszáz gyerek imádkozott a Parlamentben az országért és vezetőiért

Hatszáz gyerek imádkozott a Parlamentben az országért és vezetőiért