Az ügyvédet közvetlen közelből, hangtompítós pisztollyal lőtték le. A merényletben megsebesült egy vele lévő kislány, és súlyos fejlövést szenvedett a Novaja Gazeta című ellenzéki lap szintén Markelovval tartó munkatársa, Anasztaszija Baburova, aki életveszélyes állapotban van. Baburova számos cikket írt a Budanov elleni perről és Elza Kungajeva családjának további életéről.
    
Jurij Budanov ezredest 2003-ban 10 évi fegyházra ítélték, mert 2000-ben Csecsenföldön megfojtotta a 18 éves Elza Kungajevát, állítólag azért, mert orvlövésznek vélte. Budanov az első magas rangú orosz tiszt volt, akit csecsenföldi jogsértés miatt elítéltek. Múlt csütörtökön, büntetése felének letöltése után feltételesen szabadlábra helyezték. Budanov tartózkodási helye azóta ismeretlen. A gyilkos szabadon engedése Csecsenföldön erősen felkavarta a kedélyeket.
    
A Markelov elleni merénylet sokkot okozott a moszkvai jogvédőknek. Ljudmilla Alekszejeva, a Moszkvai Helsinki Csoport vezetője annyit mondott: az ilyen gyilkosságok szégyent jelentenek Oroszország számára.
    
Elza Kungajeva édesapja az Echo Moszkvi rádiónak hétfőn elmondta, hogy Markelov a Budanov-üggyel kapcsolatban számos fenyegetést kapott. Az Interfax hírügynökségnek a csecsenföldi emberjogi megbízott úgy nyilatkozott: a gyilkosság meggyőződése szerint kapcsolatban áll a Budanov-üggyel és kihívás a demokratikus Oroszországgal szemben a háború hívei részéről.