Bendik Gábor, az LM jogásza a tervezett beruházás helyszínén elmondta: a mélygarázs megvalósulása esetén a Múzeumkert Bródy Sándor utcai részéről teljesen eltűnne az ott található mintegy harminc, többségében rendkívül értékes fa. Az épület fölé ráadásul csupán 80 centiméteres földtakaró kerülhet, amely nem teszi lehetővé 1-2 méternél magasabb növények telepítését.
A Levegő Csoport jogásza a Múzeumkertbe tervezett mélygarázs ötletét gazdasági szempontból is elhibázottnak nevezte, mivel elmondása szerint a kert szomszédságában található Pollack Mihály téri, több mint 400 férőhelyes mélygarázs általában csúcsidőben is csupán 50 százalék körüli kihasználtsággal működik. Az autóhasználatot ösztönző építkezés ellen szól, hogy a múzeum környéke Budapest egyik tömegközlekedéssel legjobban megközelíthető pontján valósulna meg.
Schnier Mária, a civil szervezet elnökhelyettese szerint a műemléki területek építési hatóságának számító Kulturális Örökségvédelmi Hivatal (KÖH) nagy hibát követett el azzal, hogy nem győződött meg pontosan a településrendezési eljárás megtörténtéről. Elmondása szerint az elvi építési engedély kiadásához külön szabályozási tervnek kellett volna készülnie a Magyar Nemzeti Múzeum egész területére, ami azonban elmaradt. Egy esetleges tereprendezés az egész Múzeumkert zöldterületének károsodását vonná magával – hangsúlyozta az elnökhelyettes.
Schnier megjegyezte, hogy értesüléseik szerint a tervezett mélygarázs egyik beruházója a Környezetvédelmi és Vízügyi Minisztérium (KvVM) lenne, amit teljes mértékben elfogadhatatlannak tartanak.
Az LM 2007. január 4-én nyújtott be bírósági felülvizsgálati kérelmet a Magyar Nemzeti Múzeum által megrendelt mélygarázs tervezete ellen, miután a KÖH elnöke elutasította a hatósághoz benyújtott fellebbezésüket. Bendik Gábor reméli, hogy már a következő, 2008. október 31-i tartott tárgyaláson megszülethet a számukra kedvező ítélet, amellyel új eljárásra utasíthatják a hatóságot.