A 2016-os amerikai elnökválasztásba való orosz beavatkozást, illetve az elnök és az orosz állam közötti kapcsolatok ügyét vizsgáló Robert S. Mueller hivatala által közzétett nyilatkozat szerint Stones-t – Trump elnök nm hivatalos státusban lévő tanácsadóját – Fort Lauderdale-ben vették őrizetbe. A vádak szerint Stones 2016 nyarán beszélt Trump kampánytanácsadóival a Wikileaks kiszivárogtató oldalon várhatóan megjelenő olyan dokumentumokról, amelyek rossz színben tüntetik fel a demokrata ellenfelet, Hillary Clintont. Stone-t azzal is vádolják, hogy hamis nyilatkozatokat tett a Wikileaks-szel való kapcsolatáról, s azt hazudta, nincsenek tulajdonában olyan bizonyítékok, amelyek megeőrsítik, hogy kapcsolatot tartott fenn a kiszivárogtató oldallal.

A Mueller-vizsgálat adatai szerint Stones közvetített a Wikileaks és Trump kampánytanácsadói között, s a felek egyeztettek mikor és milyen anyag kerüljön fel a Julian Assange által alapított oldalra.

A Wikileaks és a Trump-kampány közötti kapcsolat jelentőségét az adja, hogy egyes vádak szerint a kiszivárogtató oldalra orosz közvetítéssel kerültek a Clintont lejárató információk, s a kiszivárogtatás része volt azoknak az orosz törekvéseknek, amelyek célja az volt, hogy Trump nyerje meg az elnökválasztást.

A The Guardian című brit lap szerint Stones volt az, aki azt javasolta Trumpnak, hogy az azóta bűnösnek talált Paul Manafortot nevezzék ki Trump kampányfőnökévé. Az ítélethirdetésre váró Manafortot gazdasági bűncselekményekkel vádolták, s közben az is kiderült, hogy megsértette a Muellerrel kötött vádalkut is: a megállapodás után tett vallomásaiban sem mondott igazat.