James Warren Jones egy indianai kisárosban született 1931-ben. A gazdasági válság és az apa betegsége megviselte a családot. Kis kunyhóban éltek, kútról hordták a vizet. Jim gyerekek helyett inkább könyvekkel barátkozott. Sokat olvasott. Lenin, Mussolini, Hitler, Churchill, Mao, Gandhi írásai és a karizmatikus pünkösdista kereszténység egyaránt felkeltette az érdeklődését. Jobban érdekelte a halál, mint az élet. Állatokat kínzott és kíváncsian figyelte, miként távozik el belőlük az élet. A temető volt kedvenc sétáló és meditáló helye. Apja a Ku-Klux-Klán tagja volt. Később, amikor már voltak Jimnek barátai, összeveszett apjával, aki nem engedte be az otthonába fia sötét bőrű ismerőseit.
A szülők gyakran voltak távol, fiuk kamaszkorában el is váltak. Jones életrajzírói szerint a sivár családi élet meghatározó tényező volt személyiségének alakulásában. Az általa kialakított kommuna családpótlék (is) volt a számára. A válás után az édesanyjával Virginiába költözött. Ott kiváló eredménnyel végezte el a középiskolát, és az Indiana Universityn tanult tovább.
Diákként Indianapolisban részt vett az Amerikai Kommunista Párt nagygyűlésein. Ezek voltak a McCarthy-féle paranoiás kommunistaüldözés évei. Jones az egyházak felé fordult azzal a meggyőződéssel, hogy az elvileg egyenlőséget és testvériséget hirdető keresztény egyházak igazolhatják a marxizmus tanait. Azok tehetik a társadalom számára elfogadhatóvá ama elveket, amelyeket a kiátkozott kommunistáktól nem fogadnak el.
Jones először egy metodista templomban kezdte lelkészi tevékenységét. Azt azért hagyta el, mert ott nem fogadták be az afroamerikai hívőket.