2001. október 11. - A 3-as metróvonal Deák téri megállójánál feltehetőleg műszaki probléma miatt kigyulladt az egyik szerelvény alsó része, személyi sérülés nem történt.
2003. május 3. - Halálra gázolt a metró a Határ útnál egy fiatalembert, aki feltehetően öngyilkossági szándékkal vetette magát a sínekre. Az életvédelmi árammentesítés ellenére tűz keletkezett a szerelvény egyik kocsijában, s két könnyebb sérültet és egy füstmérgezésgyanús utast kórházba szállítottak.
2003. augusztus 26. - A 3-as metró vonalán tűz ütött ki egy szerelvény alatt a Nagyvárad téri állomásnál, és egy kocsiban füst keletkezett. A szerelvény eljutott az állomásra, személyi sérülés nem történt.
2004. szeptember 23. - Tűz ütött ki a 3-as metró Arany János utcai megállójában, az egyik kocsiban egy irányváltó kapcsoló füstölt, a tűzoltók eloltották a tüzet, személyi sérülés nem történt.
2006. július 13. - A 3-as metró kőbánya-kispesti állomásánál tűz keletkezett egy dohánybolt raktárában, a füst a peronépület utasfolyosóját és az ott lévő üzleteket töltötte meg. Egy embert füstmérgezéssel kórházba szállítottak.
2009. április 17. - A 3-as metró Dózsa György úti megállójában kigyulladtak a Kőbánya-Kispest felé tartó egyik szerelvény kocsijait összekötő kábelek. A BKV szakemberei még a tűzoltók kiérkezése előtt megfékezték a lángokat, személyi sérülés nem történt.
2009. július 22. - A 3-as metró Deák Ferenc tér és Kőbánya-Kispest közötti szakaszán kigyulladt az egyik metrószerelvény, ezért pótbuszok szállították az utasokat. 
2011. március 1. - Kisebb elektromos tűz keletkezett a Kőbánya-Kispest végállomáson egy metrószerelvény első kocsijában. Senki nem sérült meg. 
2011. március 12. - A 3-as metró Nyugati pályaudvari megállójának peronjánál kigyulladt egy trafódoboz. A tüzet a BKV dolgozói a tűzoltók érkezése előtt eloltották, de a keletkezett füst miatt a Deák Ferenc tér és a Lehel tér között nem jártak a szerelvények.
2011. április 4. - A 2-es metró Pillangó utcai állomása után egy váltónál tűz keletkezett, emiatt leállították a forgalmat.
2011. április 12. - A 3-as metró a Nagyvárad térhez közeli szakaszán kigyulladt egy kábel az alagútban, ezért pótlóbuszok szállították az utasokat.