A rendőrség még szeptemberben büntetőjogi eljárást kezdeményezett Babis és Faltynek ellen, akiket a hatóságok uniós támogatással való visszaéléssel gyanúsítanak. Babis és Faltynek parlamenti képviselők, de a korábbi képviselőház megvonta mentelmi jogukat, és így lehetővé tette a bűnügyi eljárás megindítását. Az októberi választásokon az ANO mindkét vezetőjét újra parlamenti képviselővé választották, minek következtében a büntetőeljárást meg kellett szüntetni. A rendőrségnek az új összetételű parlamenttől, amely hivatalosan hétfőn alakult meg, ismét kérnie kell a két politikus kiadását a büntetőeljárás céljaira. Ez csak azután újítható fel, ha a parlament mindkét képviselőtől megvonja a mentelmi jogot. 

A Gólyafészek építésének éveiben, tehát 2007-ben és 2008-ban, a cseh sajtó szerint az Agrofert holdinghoz tartozott, amelynek egyetlen tulajdonosa Andrej Babis volt. Ezután a cég ismeretlen tulajdonba került, minek következtében – mint kisebb vállalkozás – jogosultságot szerzett az ilyen vállalatok számára kiírt EU-támogatásra. Amennyiben az Agrofert része maradt volna, nagyvállalatként nagy valószínűséggel nem kaphatott volna uniós támogatást. A Gólyafészek 50 millió cseh koronás (580 millió forint) uniós támogatást szerzett. Néhány, a pályázatban meghatározott év után újra az Agrofert része lett. 

Babis a bírálatokat következetesen elutasítja, s azt állítja, hogy szabályos üzleti akcióról volt szó. Az akkori tulajdonosok nevét állítása szerint csak azért nem akarta korábban nyilvánosságra hozni, mert családtagok, s nem akarta őket kitenni a média zaklatásának. Az ügyet jelenleg az Európai Csalás Elleni Hivatal (OLAF) is vizsgálja. Az OLAF döntése az év vége előtt várható – írta a cseh sajtó. A Gólyafészek vitatott uniós támogatása ügyében Babis és Faltynek mellett a cseh rendőrség további kilenc személy ellen folytat vizsgálatot.