A vád szerint Jun összeesküvést szervezett az akkori védelmi miniszterrel és másokkal, hogy a hadiállapot kihirdetésével lázadást robbantson ki. Azzal is vádolják, hogy katonai erőket vezényelt a parlamenthez, hogy megakadályozza a törvényhozókat a rendelet leszavazásában. A vádemelésre Jun fogva tartási idejének törvényes lejárta előtt egy nappal került sor. A törvény szerint a gyanúsítottat szabadon kell engedni, ha a fogva tartási időn belül nem emelnek vádat ellene.

A vádemeléssel Jun lett az első hivatalban lévő elnök Dél-Korea történetében, aki ellen fogva tartása alatt emeltek vádat. A magas rangú tisztviselők korrupcióját vizsgáló hivatal, a CIO január 15-én vetette őrizetbe a december 3-i hadiállapot kihirdetése miatt. A hivatalos letartóztatási parancsot január 19-én adták ki. A Jun elleni nyomozást vezető CIO a múlt héten adta át az ügyet az ügyészségnek, mivel a hivatalnak nincs törvényes felhatalmazása arra, hogy vádat emeljen egy elnök ellen.

Vasárnap vezető ügyészek gyűltek össze az ország minden részéből, hogy megvitassák a következő lépéseket Jun ügyében. Személyes meghallgatásra nem volt lehetőségük. Ennek érdekében kérelmezték a fogva tartás meghosszabbítását, de az illetékes szöuli bíróság ezt szombaton másodszor is elutasította. Az ügyet vizsgáló ügyészi csoport közölte, hogy áttekintették a bizonyítékokat, és az átfogó felülvizsgálat alapján úgy döntöttek, hogy a vádlott ellen vádat kell emelni.