Megerősítette pozícióit a dél-afrikai parlament alsóházában és a kilenc tartományi törvényhozásban az egykori felszabadító mozgalom, a fajüldöző rezsim 1994-es felszámolása óta kormányzó Afrikai Nemzeti Kongresszus (ANC). A szegénység, a 40 százalékos munkanélküliség, az aggasztó közbiztonság és a lakosság tíz százalékát sújtó AIDS ellenére a választók csaknem 70 százaléka az ANC-re adta a voksát, amely így első ízben jutott kétharmados többséghez. Április végén letette az esküt az alsóház által másodszor is államfővé választott Thabo Mbeki, aki pedig a bírálatok özönét vonta magára, amikor január 30-án aláírta azt a törvényt, amely lehetővé tette, hogy a tulajdonos beleegyezése és bírósági végzés nélkül is visszaszolgáltassák a feketéknek a gyarmati vagy az apartheid hatóságok által elvett földjüket. Mbeki egyébként befektetőbarát gazdaságpolitikát hirdetett, miközben kiterjedt közmunkaprogramokkal igyekezett felzárkóztatni a vidéki népességet. Mbeki vezető szerepre törekedett az Afrikai Unióban (AU) is, közvetítőként személyesen működött közre a burundi és az elefántcsontparti rendezési folyamatban, valamint megszerezte a szudáni kormány hozzájárulását AU-békefenntartók Dárfúrba küldéséhez.