Az EP tagjai 648 szavazattal 14 ellenében, 18 tartózkodással vetették el az Európai Unió tagországait képviselő tanács közös álláspontját a jogszabályról, amely a számítógép felhasználásával is megvalósított találmányok szabadalmáról szól. Az irányelv így egy időre lekerült az uniós napirendről.

A szavazás előtt felszólalva Michel Rocard francia jelentéstevő azt mondta, a képviselőket felháborította, ahogy az Európai Bizottság és a tanács kezelte az irányelvet, ezért döntött úgy minden frakció, hogy nemmel szavaz. Hozzátette azt is: a jogszabály nem érett az elfogadásra.

A bizottság képviseletében felszólaló Benita Ferrero-Waldner az elutasítás után azt mondta, nem fognak új tervezetet letenni az asztalra, hacsak a parlament kifejezetten nem kéri fel őket erre. Korábban nem volt példa arra, hogy az EP az együttdöntési eljárásban második olvasatban utasított volna el egy jogszabályt. A jelenlegi helyzet azzal jár, hogy európai irányelv hiányában továbbra is a nemzeti hivatalok és az Európai Szabadalmi Hivatal adja ki a szabadalmakat - mondta Ferrero-Waldner. A biztos hozzátette, ez azt is jelenti, hogy a szabadalmaztatás harmonizáció nélkül, a szabályok eltérő értelmezésének lehetősége mellett folyik a továbbiakban.

Jóllehet bizottsági szinten az EP júniusban elfogadta az irányelvet, már a keddi vitában nyilvánvaló volt, hogy nem lehet készpénznek venni a plenáris jóváhagyást. Minden frakció bírálta a tanács eljárását, mert abba szerintük nem vonták be az EP-t, továbbá a nézőpontok továbbra is élesen eltértek arról, hogy milyen mértékig kell szabadalmi védelmet biztosítani a szóban forgó találmányoknak. A magyar képviselők közül az irányelv vitájában Herczog Edit (MSZP) szólalt fel rendszeresen. Mint a plenáris vitában elmondta, szerinte a jogszabálytervezetet sokan félreértették. Úgy vélte, a szabályozás nem a multinacionális vállalatokról, illetve a kis- és középvállalkozásokról, nem a tiszta szoftverekről és a szerzői jogról szól, hanem a tudásalapú társadalom megteremtéséről.

Herczog Edit szerint a szoftverszabadalmak nem jelentenek forradalmi újdonságot, egyszerűen annak az egyszerű ténynek az elismerését jelentik, hogy a modern világ a digitális információra és high-tech megoldásokra épül. A képviselőnő azt mondta, szükség van az irányelvre, enélkül ugyanis Európa versenyhátrányba kerül mindazokkal a térségekkel szemben, amelyek nem félnek a modern kor követelményeinek megfelelően módosítani saját rendszereiket. Leszögezte, hogy versenyképességének növelése érdekében az EU-nak meg kell tudnia védeni az ott létrehozott tudást, ennek elsődleges piaci eszköze pedig a szabadalom.

A tervezettel kapcsolatban még a vita egy korábbi szakaszában kiadott közös közleményükben Gyürk András és Szájer József (mindketten Fidesz-MPSZ) azt jelezték: fontos az európai szellemi tulajdon védelme, ugyanakkor arra is figyelni kell, hogy a kis-és középvállalkozások érdekeit figyelembe vevő javaslat szülessen. Törésvonal húzódott a vitában az élénken lobbizó vállalati szektoron belül is, a kisebb és nagyobb vállalatok érdekei között is. Előbbiek a nyitott forráskódú, mindenki által hozzáférhető szoftverek, s így a teljesen szabad verseny mellett érveltek, és attól is tartottak, hogy a szabadalmi védelem bejegyeztetése, illetve az ilyen termékek megszerzése további költségeket ró rájuk.

A nagyobb információtechnológiai cégek ezzel szemben úgy érvelnek, hogy éppen akkor lesz érdemes befektetni a számítógépes innovációba, ha a szabadalmi védelem kiterjed a szoftverekre is, és ez jelent védelmet az amerikai versenytársakkal szemben is.

Vedres András, a Magyar Feltalálók Egyesületének főtitkára úgy kommentálta a strasbourgi döntést, hogy az hátráltatni fogja az EU-országokban az innovációt. A számítógéppel megvalósított találmányok ugyanis új műfaját képezik a műszaki alkotásoknak, és a jogbiztonság ezek számára nagyon fontos lenne. Az eddigi szabályozatlan állapot nem szolgálja a tervezhetőséget, a kiszámíthatóságot, a szóban forgó oltalmi forma viszont a professzor szerint "egyformán szolgálta volna minden alkotó érdekeit, legyen az nemzetközi társaságnál, nagyvállalatnál működő csoport vagy egyedül alkotó ember".