Szerény kereskedőcsaládból származott, az oratóriánus rend kolostorában nevelkedett és lett paptanár. A forradalom szelét érezve sutba vágta a reverendát, 1792-ben girondista képviselőnek választották meg. A mérsékelteket gyorsan otthagyta és a jakobinusokhoz szegődött, a király perében a halálra szavazott. Amikor 1793-ban Lyonba küldték rendet csinálni, hatszáz lázadót állított ágyúk elé és mészároltatta le őket kartáccsal, ekkor ragadt rá a "lyoni tűzmester" elnevezés. Hiába hagyta ott idejében Robespierre-t, rövid időre letartóztatták, de gyorsan kiszabadult és behízelegte magát a Direktórium kegyeibe.

Végre a leginkább neki való állásba nevezték ki: rendőrminiszter lett és az egész országot behálózó kémszolgálatot épített ki. Ügynökei mindenhol ott voltak és mindenről jelentettek, a miniszter idővel mindenkiről tudott valami kompromittálót. Megszimatolta Bonaparte jövőjét s bizalmasa lett Joséphine-nek, a későbbi császárnénak. Napóleonnal ösztönös ellenszenvvel viseltettek egymás iránt, de sorsuk hosszú időre összefonódott. Fouché a császárt is megfigyeltette, így a kortársak számára rejtélyes módon még fölötte is hatalma volt. Egyetlen igazi vetélytársa akadt, a szintén rendszereken átívelő diplomata, Talleyrand, Napóleon másik igazi bizalmasa. Ők ketten nem csak a hatalomért versengtek, személyesen is gyűlölték egymást, a nagyvilági életet élő Talleyrand mélységesen lenézte a csúnya feleségéhez annak haláláig hű, kispolgár Fouchét.

Fouché dúsgazdag ember, gróf, majd Otranto hercege lett, de kétlakisága miatt végül kiesett a császár kegyeiből. Ő ezt nem nagyon bánta, mert már a királypártiakkal szűrte össze a levet. Legragyogóbb cselszövését a waterlooi csata előtt hajtotta végre: a hadjárat tervét titokban megküldte Wellingtonnak, de magát minden eshetőségre bebiztosítva arról is gondoskodott, hogy a futárt "váratlan" akadályok hátráltassák és csak a csata után érkezzék meg.

Napóleon végleges lemondása után az ideiglenes kormány elnöke lett, s szemrebbenés nélkül szegődött a Bourbonok szolgálatába, természetesen rendőrminiszterként. A szélkakas azonban berozsdásodott, nem bírt tovább forogni: ellenfelei (élükön a másik nagy túlélővel, a miniszterelnökké avanzsált Talleyrand-nal) keresztülvitték, hogy mint "királygyilkost" eltávolítsák az udvartól, majd végleg száműzzék. Fouché Prágába, utána Linzbe költözött, a halál 1820. december 26-án Triesztben érte mindenkitől elhagyatva, de az egyházzal megbékélve.