Hodorkovszkij a Moszkvai Városi Bíróságon kedden megkezdődött fellebbviteli tárgyaláson kijelentette: a második perében hozott ítéletet "javítani nem lehet, a kozmetikázási kísérlet buta dolog lesz". "Változtassák meg az ítéletet, és vessenek véget ennek a szégyennek, vagy csatlakozzanak a törvényt megsértő bűnözőkhöz" - mondta a bíróságon. Azt mondta: "Az ítélet abszurditása kézenfekvő, bőven elég ellentmondás van benne ahhoz, hogy semmissé nyilvánítsák tényállás hiányában". Hozzátette még, hogy a vád lényege az volt, hogy ellopták a Yukos által kitermelt kőolajat hat éven át. Ez azonban fizikai értelemben abszurd, a kőolaj nem tűnt el, ezért közben az érte kapott ár ellopására módosították a vádat, noha a jogszabályok értelmében a vád az eljárás során nem módosítható. 

Jurij Smidt, Platon Lebegyev ügyvédje bűnvádi eljárást és vizsgálatot követelt a december végén kimondott ítélet keletkezési körülményeinek tisztázására, miután az ítéletet meghozó Hamovnyiki Kerületi Bíróság több munkatársa is szóvá tette azóta, hogy a bíróra súlyos nyomást gyakorolt a Moszkvai Városi Bíróság, éppen az, ahol most a fellebbviteli tárgyalás folyik. Smidt hangsúlyozta: Vlagyimir Putyin kormányfő kijelentései hatással voltak az ítéletre. Putyin ugyanis nem sokkal korábban egy élő tévéadásban gyilkosságokkal hozta összefüggésbe a Yukost, olyannyira, hogy Dmitrij Medvegyev elnök utóbb számon kérte rajta az ártatlanság vélelmét.

Hodorkovszkijt és Lebegyevet december végén ítélték el másodszor, ezúttal hatalmas mennyiségű kőolaj ellopása és pénzmosás vádjával - a korábbi büntetéssel együtt - összesen 14 évi szabadságvesztésre, s legkorábban 2017-ben szabadulhatnak. Az orosz társadalom csupán nagyon kis része kíséri figyelemmel Hodorkovszkij ügyét. Míg azonban az első ítélet jogosságában csak nagyon kevesen kételkedtek, a második ítéletről már csak nagyon kevesen feltételezik, hogy megalapozott és jogszerű lehet.