Egyes emberjogi szervezetek szerint a magát semlegesnek valló hadsereg, amely állítása szerint csupán különválasztja a Hoszni Mubarak elnök mellett és ellen tüntetőket, korántsem pártatlan, és több száz ember eltűnéséért és megkínzásáért tehető felelőssé. Ilyen visszaéléseket korábban csak a rossz hírű biztonsági szervekkel (SSI) hoztak összefüggésbe az egyiptomiak, de a hadsereggel soha. "Ez szokatlan, és a legjobb tudomásunk szerint új dolog a hadsereg részéről" - mondta Hoszám Bahgat, az Egyiptomi Polgárjogi Kezdeményezés nevű szervezet igazgatója a brit lap internetes oldala szerint.

Bahgat rámutatott, hogy a hadsereg nem csak emberjogi aktivistákat, ügyvédeket és újságírókat vett őrizetbe, de országszerte rengeteg "hétköznapi" ember is eltűnt a hadsereg által ellenőrzött helyeken, akiket kétségbe esve keres a családjuk. "Őrizetbe vették a kijárási tilalmat megszegőket, a tüntetésen részt vevőket; azokat, akik visszabeszéltek a hadsereg egy tisztviselőjének, de azért is tartóztattak le embereket, mert gyanúsnak tűntek vagy külföldinek néztek ki" - fejtette ki az emberjogi szervezet vezetője.

A The Guardian több olyan volt fogvatartottal is beszélt, akik arról számoltak be, hogy a katonák ütlegelték és más más módokon is bántalmazták őket. Egyikőjüket, a csak keresztneve megadását vállaló Asrafot múlt pénteken tartóztatták le, amikor orvosi eszközöket próbált a a tüntetések központjának számító Tahrír téren felállított rögtönzött klinikákra szállítani. "Egy mellékutcán sétáltam, amikor az egyik katona megkérdezte, hova megyek. Amikor megmondtam neki, azzal vádolt, hogy külföldi ellenségnek dolgozom, és erre a többi katona is odajött és ütni kezdtek a fegyvereikkel" - mondta a 23 éves fiú, akit ezután egy ideiglenes katonai ellenőrzőpontra szállítottak, ott a háta mögé kötötték a kezét és tovább ütötték, mielőtt a tér szélén álló Egyiptomi Múzeum mögötti, hadsereg által ellenőrzött területre vitték volna. 

"Egy szobában tettek le, ahol egy tiszt azt kérdezte tőlem, ki fizetett azért, hogy a kormány ellen lázadjak. Amikor megmondtam, hogy én egy jobb kormányt szeretnék, megütötte az arcomat és a földre estem. Ekkor a katonák rugdosni kezdtek, egyikőjük folyton a lábam közé rúgott. Aztán azzal fenyegettek meg, hogy megerőszakolnak egy szuronnyal, amit meglengettek a lábam között. Azt mondták, hogy akár meg is halhatnék ott, vagy eltüntethetnének egy börtönben és soha, senki nem tudná meg. A kínzás fájdalmas volt, de az a gondolat, hogy eltűnhetnék egy katonai börtönben, még félelmetesebb volt" - mesélte Asraf.

Miután befejezték a kínzását, a fiút egy másik szobába vitték át, ahol legalább egy tucat, súlyosan megkínzott férfi volt. Körülbelül 18 óra múlva engedték őt szabadon, és figyelmeztették, hogy ne térjen vissza a Tahrír térre. Más kiszabadultak szerint azért kellett kínzásokat elszenvedniük a katonák részéről, mert külföldi hatalmakhoz, köztük a Hamászhoz és Izraelhez való kötődéssel vádolták őket. Bahgat szerint a kiszabadultak beszámolóiból kirajzolódó kép azt sejteti, hogy a hadsereg kampányt folytat a tüntetők megtörésére. Heba Morajjef, a Human Rights Watch nemzetközi emberjogi szervezet kairói megfigyelője szerint pedig "most már elég egyértelmű, hogy a hadsereg nem semleges szereplő többé. A hadsereg nem hisz a tüntetésekben és nem akarja, hogy folyatódjanak."