Az ételek emésztésekor a gyomorfal sejtjeinek sejthártyájában csatornák találhatók, melyek savasságot okozó hidrogén ionokat termelnek, vagyis protonokat juttatnak a gyomornedvbe. A gyomorban lévő kálium ionokat viszont a sejtekbe viszik be, tehát ioncsere megy végbe. Ez energiaigényes, aktív tevékenység, ami a sejtcsatornákban folyik, ezért nevezzük ezeket a sejtcsatornákat protonpumpának.

A protonpumpa gátló gyógyszerek ennek a pumpának a működését akadályozzák és ezzel a gyomorsav termelődését csaknem teljesen leállíthatják. Ez a hatás igen eredményes, külonösen az úgynevezett reflux betegség ellen, amikor a savas gyomornedv a nyelőcső és a gyomor határán lévő izomgyűrű működési hibája miatt fölfelé bejut a nyelőcsőbe és ott égető fájdalmat, esetleg gyulladást okoz.

A civilizált országokban élők esetében gyakran használt gyomorégés-csillapítókról az FDA azt közölte, hogy a gyógyszercsoport rendszeres használói egy év után veszélyes helyzetbe kerülhetnek, mert a vérük magnézium tartalma jelentősen csökkenhet. Az igazi baj, hogy a változás magnézium készítmények szedése ellenére is bekövetkezhet.

Az alacsony magnézium vérszint izomgörcsökhoz vezethet, de ami még veszélyesebb: szívritmus zavarokat okozhat. Ez azt jelenti, hogy a protonpumpa gátló szerekkel kezelt betegeknek javasolt a laboratóriumban ellenőriztetni a magnézium értéket és a magnézium pótlás mellett mérlegelni a kezelés szüneteltetését