A testület közleménye szerint a javaslatban meghatározott célok között ugyan a kormánnyal közösen meghatározott célkitűzések szerepelnek, ám az azokra adott válaszok egy része éppen a kívánttal ellentétes hatást váltana ki. Úgy vélik, a tervezet sem a tudományegyetemeknek, sem a főiskoláknak nem biztosítja a fejlődés lehetőségét: előbbiek számára nem garantálja a kiemelkedő teljesítmény támogatását, utóbbiakat pedig egyenesen elzárja a fejlődés lehetőségétől azzal, hogy a mesterképzésből kizárja őket.

A közleményben kiemelik azt is, hogy noha a törvénytervezet bevezetője hivatkozik az európai egyetemek Magna Chartájára - mely deklarálja, hogy a felsőoktatás csak akkor tudja teljesíteni küldetését, ha az intézmények számára garantált a teljes körű autonómia -, a szöveg részletes elemzése nyilvánvalóvá teszi, hogy az intézmények mozgástere rendkívül korlátozott lenne, meghatározó kérdésekben valódi döntési kompetenciájuk megszűnne. "Megállapítható, hogy a tervezet eredménye egy központilag közvetlenül irányított, a felsőoktatás tartalmi kereteit és mindennapi működését rendeleti úton szabályozó rendszer létrehozása lenne" - áll a Magyar Rektori Konferencia közleményében.

Sérelmezik az intézményvezetők azt is, hogy a felsőoktatás működési kereteit valójában nem a törvény, hanem rendeletek határoznák meg, amelyek tartalma egyelőre nem ismert.  "A rendeletek jó részének a törvényben lenne a helye. Összességében megállapítható, hogy a rendeletek részleteinek ismerete nélkül lényegi kérdésekről nem lehet társadalmi vitát folytatni. Úgy tűnik, hogy lényegében minden olyan kérdéskör ide került, amelyik a korábbi verziókban kritika vagy ellenvélemény tárgya volt" - szögezik le a közleményben.