Mueller azután beszélt erről, hogy muszlim szervezetek panaszkodtak, ártatlan hívők és papok válnak az FBI célpontjaivá az esetleges terroristák helyett. Egy michigani muszlim szervezet néhány napja annak a panasznak a kivizsgálását kérte a washingtoni igazságügy-minisztériumtól, hogy az FBI muzulmán hívőket toboroz, hogy kémkedjenek hívőtársaikról és iszlám vezetőkről. Egy másik, év eleji panasz szerint a szövetségi nyomozók kémet küldtek egy dél-kaliforniai mecsetbe.
"Mi nem helyek, hanem személyek után kutatunk" - közölte Robert Mueller Los Angelesben újságíróknak. Leszögezte, hogy az FBI a felmerült panaszok ellenére folytatja a gyakorlatot, amennyiben bűnös tevékenységre utaló bizonyítékot vagy információt szereztek. Világossá tette, hogy az FBI eddigi céljai nem változtak, az Obama-kormány hivatalba lépése után is a korábbi erővel lép fel a terrorizmus ellen.
A michigani Iszlám Szervezetek Tanácsa vizsgálat indítását sürgette Eric Holder igazságügy-miniszternél, miután több mecsetből és csoporttól olyan jelzéseket kaptak: nyomozók arra kértek egyes hívőket, hogy figyeljék meg, kik járnak mecsetekbe, és mekkora adományokat tesznek. Az FBI visszautasította a vádakat.
Shakeel Syed, a dél-kaliforniai Iszlám Súra Tanács vezetője kijelentette: Robert Mueller szavai nem enyhítik a helyzetet, ellenkezőleg, csak az FBI azzal kapcsolatos önteltségét mutatják, hogy a szövetségi nyomozók gyanúsítottként kezelik a muszlim közösségek tagjait és vallási vezetőit.
Az FBI szerint a mecsetek megfigyelése az egyik leghatékonyabb eszköz a lehetséges terroristák kiszűrésére. A politikailag és jogilag kétséges módszert azonban elítélik a muzulmánok, akik úgy érzik, igazságtalanul tartják megfigyelés alatt a törvénytisztelő polgárokat.
Az amerikai muzulmánok egyik legbefolyásosabb szervezete, a washingtoni központú Amerikai-Iszlám Kapcsolatok Tanácsa a napokban nyílt levéllel fordult Barack Obama elnökhöz, mielőtt az beszédet intézett Kairóban a muszlim világhoz. Azt kérték tőle, hogy az amerikai-muszlim kapcsolatok javítása érdekében emelje fel szavát az emberi jogok, a politikai és vallási szabadság, továbbá a tolerancia mellett; kormánya pedig lépjen fel a muszlimellenes megkülönböztetés és a "féktelen iszlámellenes hangulat" ellen, amely a 2001. szeptember 11-i Amerika elleni terrormerényletek óta kialakult.