A kormány a határozat értelmében az EU Duna Régió Stratégiával  és az EU makroregionális stratégiákkal összefüggő kormányzati tevékenység irányítására 2014. január 1-jétől Medgyesy Balázst kormánybiztossá nevezi ki, a kormánybiztos ellátja a stratégiával kapcsolatos valamennyi magas szintű külső képviseleti feladatot. 

A kormánybiztos felügyeli a stratégia végrehajtását, valamint közreműködik minden olyan EU tanácsi dokumentumhoz kapcsolódó magyar álláspont kidolgozásában és végrehajtásában, amely kapcsolható a stratégiához. Feladatköréhez kapcsolódóan közreműködik az európai uniós támogatási eszközök hazai kormányzati tervezési és végrehajtási feladataiban, valamint vezeti és működteti a stratégiával kapcsolatos feladatokat ellátó munkacsoportot.

A kormánybiztost tevékenységének ellátásában a Miniszterelnökség szervezetében működő, a Külügyminisztériumban elhelyezett titkárság segíti. A titkárság három főből áll. A Miniszterelnökség mindenkori engedélyezett belföldi létszáma ezzel a három fővel meghaladható. A titkárságon belül működik az EU Duna Régió Stratégia nemzeti koordinátora - olvasható a Magyar Közlönyben.

Az EU Duna Régió Stratégiával összefüggő kormányzati tevékenység irányítását korábban is Medgyesy Balázs látta el kormánybiztosként, kinevezése az első alkalommal a 2012. január 1-jétől 2013. december 31-ig terjedő időszakra szólt.