Az alaptörvény-módosítás parlamenti elfogadása előtt összeállított munkadokumentum az alkotmánymódosítás kapcsán két olyan rendelkezést emelt ki, amelyek "súlyos aggodalomra adnak okot". Az egyik, hogy az alkotmánybíróság a jövőben kizárólag formai és eljárási szempontból vizsgálhatná az alkotmányt és módosításait; azt nem ellenőrizhetné, hogy egy-egy módosítás összhangban van-e az alkotmányos jogállamiság elveivel. Vagyis az alaptörvényhez a jövőben bármilyen tartalmú módosítás elfogadható - áll a dokumentumban, amely szerint ezzel az Ab megszűnik az alaptörvény legfőbb őre lenni, mert a törvényhozás a jövőben kedvére módosíthatja az alkotmányt, akár az alaptörvény rendelkezéseivel ellentétesen is. Súlyosan aggályosnak tartja emellett az irat azt a passzust is, amely hatályon kívül helyezi az alkotmánybíróság korábbi határozatait.

A munkadokumentumban Rui Tavares, a téma jelentéstevője megjegyezte, hogy az alkotmánybíróság korábban alkotmányellenesnek találta a felsőoktatásban állami finanszírozással tanulók szabad mozgásának korlátozását és a hajléktalanság büntethetőségét; a mostani módosítás után viszont az alaptörvény lehetőséget ad ilyen jogszabályok megalkotására. Tavares szerint a korábban alkotmányellenesnek talált szabályok alkotmányos szintre emelése önmagában cáfolja azt, hogy az alaptörvény negyedik módosítása puszta technikai formalitás volna, ahogyan azt a magyar hatóságok állítják.

Rui Tavares a bizottságban három kérdést fogalmazott meg a magyarországi változásokkal kapcsolatban. Egyrészt választ keresett arra, vajon rendszerszintűek ezek a változások; összhangban vannak-e az Európai Unió szerződésében lefektetett alapértékekkel, illetve jelentenek-e azoktól távolodó trendet; harmadrészt pedig milyen mechanizmusra lenne szükség ahhoz, hogy a jövőben ilyen ne fordulhasson elő. A munkadokumentum vitájában több magyar képviselő is felszólalt. 

A fideszes Hankiss Ágnes a bizottság szeptemberi, budapesti tényfeltáró missziójának munkáját tette szóvá. Úgy vélte, hogy a küldöttség olyan dolgokat kért számon, amelyekben az uniónak semmilyen kompetenciája nincs, valamint olyanokkal folytatott beszélgetést, akik nem legitim, reprezentatív képviselői a magyar társadalomnak. Hankiss elmondta, bohózatnak tűnt számára, ami történt, nem tényszerű és átlátható tájékozódás zajlott, hanem a magyar jobbközép kormány elleni, politikai forgatókönyv alapján felépített hecckampány.

Hankiss Ágnes állításaival a bizottság több képviselője sem értett egyet. A szintén néppárti Frank Engel szerint kiegyensúlyozott párbeszédet sikerült folytatniuk Budapesten. Visszautasította az előre megírt politikai forgatókönyv, a prekoncepció vádját Anthea McIntyre brit konzervatív képviselő is.

A Magyar Szocialista Párt EP-képviselője, Göncz Kinga pozitívként értékelte, hogy az alaptörvénybe a márciusi módosítással bekerült a gyűlöletbeszéd tilalma. Sérelmezte ugyanakkor, hogy az alaptörvény a magyar nemzet méltóságának megsértését is szankcionálhatóvá teszi, mert annak fogalma nem eléggé körülhatárolt. A szocialista politikus emlékeztetett, hogy a munkadokumentumokat újra és újra át kellett dolgozni a folyamatos magyarországi változások miatt, és ezt is a probléma egyik tünetének nevezte. Ha mi nem tudjuk követni az eseményeket, hogyan követhetné a lakosság, a nép? - tette fel a kérdést a bizottságban Göncz.

A fideszes Gál Kinga, aki a szakbizottság alelnökeként a bizottsági ülést is vezette, rámutatott, hogy az elmúlt hónapokban egyetlen olyan esetet sem sikerült bizonyítani, amelyben a jogállamiság, a demokrácia vagy alapjog sérült volna. A felmerült problémákat a rendszer maga korrigálta, amit Gál  az intézményrendszer és a jogállamiság működésének bizonyítékaként értékelt. "A magyar parlamentben azért kapott kétharmadot a Fidesz, mert a magyar nép úgy látta 2010-ben, hogy probléma volt a jogállamisággal és a demokráciával, (...) és gondolom, hogy ha úgy látja, hogy tényleg ilyen veszélyben van a demokrácia és a jogállamiság, akkor ezt a parlamenti felhatalmazást 2014-ben megvonná. Elég érettek a magyar választók ehhez" - fogalmazott Gál.

A német Baloldal képviselője, Cornelia Ernst nem vitatta, hogy a magyar törvényhozás kétharmados többségét demokratikusan választották meg, "de ez nem jelent felhatalmazást arra, hogy azt csináljon, amit akar" - vélte a német képviselő.

Rui Tavares jelentéstevő zárszavában kifejtette, hogy az alapjogok magyarországi helyzetét vizsgáló eljárás nemcsak Magyarországról szól, hanem az egész Európai Unióról. Hankiss Ágnesnek válaszolva megismételte, hogy cél a tényszerűség és az átláthatóság, Budapesten pedig sokakkal találkoztak, többek között az Országos Bírósági Hivatal képviselőivel, Navracsics Tibor miniszterelnök-helyettessel és civil szervezetekkel is.