Andrej Ferlinz államügyész a több mint egy éve folyó bírósági eljárás végén, záróbeszédében kijelentette, hogy Jansa első miniszterelnöki mandátuma idején, 2004 és 2008 között, amikor Szlovénia harcjárműveket vett a finn Patria hadiipari cégtől, "a legkevesebb, amibe beleegyezett, hogy jutalmat kap az üzletért", ami a szlovén törvények szerint korrupciónak minősül. Janez Jansa képtelenségnek nevezte az ügyészség érveit.

Az államügyész 22 hónap szabadságvesztést kért Jansa állítólagos bűntársaira, egy szlovén katonatisztre és egy vállalkozóra. Az államügyész emellett azt kérte a bíróságtól, hogy a három vádlottat fejenként 37 ezer eurós pénzbírsággal is sújtsa. Nem foglalt állást viszont az ügy két másik vádlottja ügyében (egyikük beteg, a másik Kanadában él). 

A per tárgya a Patria hadiipari céggel 2006-ban aláírt, 278 millió euró értékű szerződés, amelynek értelmében a finn vállalat 135 páncélozott harcjárművet szállított volna Szlovéniának. A finn cég - amelynek 73 százaléka a finn állam tulajdonában van, 23 százalékát az EADS német-francia-spanyol repülőgépgyártó, űr- és hadiipari cég birtokolja - eddig 30 harcjárművet szállított le. A korrupciós gyanú miatt felfüggesztették a szerződés végrehajtását. 

Az YLE finn közszolgálati tv 2008-ban hozta nyilvánosságra, hogy felmerült a gyanú, hogy a Patria kenőpénzt fizetett Jansának és más szlovén tisztségviselőknek. Janez Jansa tagadta ezt, és beperelte a finn tv-csatornát. A politikusok vagyonosodását vizsgáló szlovén bizottság azonban azzal gyanúsította meg az év elején Jansát, hogy nem tud számot adni a privát bankszámláján lévő 210 ezer euró eredetéről. 

Az 54 éves Janez Jansa hivatalosan az idén március végén fejezte be második kormányfői megbízatását, alig több mint egy évvel az után, hogy hivatalba lépett. A korrupcióval vádolt politikust február 27-én, a megszorító intézkedések és a politikai elit elleni tüntetések után váltották le bizalmi szavazással.