Áfaügyben egyúttal két további uniós ország ellen is jogi lépést tett a brüsszeli bizottság: az Európai Bírósághoz fordult a portugáliai mezőgazdasági termelők áfafizetési átalányrendszerének ügyében, Franciaországot pedig bizonyos áfaszabályok módosítására szólította fel.

A magyar áfatörvény értelmében az adóalanyok választhatnak, hogy a negatív előjelű áfakülönbözetet − amely abból adódik, hogy egy adómegállapítási időszakban a levonható áfa összege meghaladja a fizetendő áfa összegét − átviszik a soron következő adómegállapítási időszakra, vagy azonnal visszaigénylik. Nem jogosít azonban az áfakülönbözet visszaigénylésére az olyan beszerzés után előzetesen felszámított áfa, amelynek ellenértékét az adóalany nem fizette ki. Ennek következtében azok az adóalanyok, akiknek adóbevallásában rendszeresen negatív előjelű különbözet szerepel, de facto a következő adómegállapítási időszakra kénytelenek átvinni az előzetesen felszámított áfából adódó különbözetet.

Az Európai Bizottság szerint ez a rendszer sérti az uniós áfairányelv 183. cikkét, amely szerint amennyiben a levonások összege meghaladja az adómegállapítási időszakban fizetendő áfa összegét, a tagállamok engedélyezhetik a különbözet következő időszakra történő átvitelét vagy az általuk meghatározott szabályok szerinti visszatérítését. A testület felszólította Magyarországot, hogy az áfavisszatérítés tekintetében tartsa tiszteletben az adósemlegesség elvét, Magyarország azonban ennek ellenére nem intézkedett kellő időben a szabályozás módosításáról. A bizottság ezért úgy döntött, hogy az ügyet az Európai Bíróság elé terjeszti.