Az ÁSZ ma közzé tett jelentésében azt is javasolja, hogy a kormány szabályozza átfogóan az alaptevékenységként kutatást végző költségvetési kutatóhelyek sajátos gazdálkodásának működési feltételeit. A kutatás-fejlesztés (K+F) állami irányításában a kormány a Tudomány-, és Technológiapolitikai Kollégiumon (TTPK) keresztül biztosítja az MTA közreműködését.

A dokumentum megállapítja, hogy ellenőrzött időszakban nem volt a kormánynak jóváhagyott, több ciklust átívelő koherens tudomány-, technológiapolitikai és innovációs stratégiája. Megalakulását követően a TTPK működése nem volt folyamatos, az MTA szakmai véleménye a K+F hazai irányítási rendszerében nem érvényesült megfelelően, az MTA és a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal (NKTH) együttműködéséből hiányzik a kompromisszumkészség és a konszenzusra való törekvés.

Az alapszabály módosítása nélkül a jelenlegi döntési mechanizmus a főtitkár és az Akadémiai Kutatóhelyek Tanácsa hatáskörében lassú és nehézkes, a felgyorsult folyamatokkal nem képes kellően lépést tartani, nem segíti a feladatok operatív, hatékony megoldását. A tudományos osztályok szakmai feladatokat minősítő tevékenysége lassú, a főtitkár döntési kötelezettségei és a tudományos osztályok működési rendje nincs összhangban.

Az ellenőrzött időszak alatt megváltozott jogi környezet mellett az alapkutatások finanszírozása – amelyet Magyarországon az MTA kutatóintézetei és a felsőoktatási kutatóhelyek végeznek – alapjaiban változatlan maradt. Az alapkutatások gyakorlati hasznosítása nehezen mérhető, az eredmények gyakran jelentős időeltolódással és más tudományos témákban mutatkoznak.

Az Akadémia vezetése többször foglalkozott a szervezeti struktúra egy-egy területének működésével, felülvizsgálatával. A szükséges döntések meghozatalára, végrehajtására csak részben és késedelmesen került sor. A 2001-ben befejezett felülvizsgálat és az annak alapján hozott intézkedések, az úgynevezett konszolidációs folyamat csak a kutatóintézetekre terjedt ki, az egyetemeken és a közművelődési intézményekben működő akadémiai kutatócsoportokat és a titkárság szervezetét nem érintette.

Az ÁSZ azt javasolja az MTA elnökének és főtitkárának, hogy tegyenek intézkedéseket a hatékonyabb működés érdekében az MTA döntési mechanizmusának, szervezeti struktúrájának megújítására.