A parancsnokokat a miniszterelnök megbízólevelével Pintér Sándor belügyminiszter rendelheti ki, és ő irányítja őket az országos kórház-főparancsnok útján, aki meghatározza tevékenységi körüket, és koordinálja tevékenységüket, és akit a miniszter javaslatára a miniszterelnök bíz meg. Az országos főparancsnok helyettesévé intézményvezetői jártassággal rendelkező orvost kell kinevezni.
A kórházak jelenlegi biztonsági őreit szerződésbontással elküldhetik. A mostani rendelet alapján kirendelt vagyonőr „az emberi méltóság tiszteletben tartásával jogosult az érintett beleegyezése nélkül ruházat, csomag, jármű átvizsgálására” az általános törvényi előírástól eltérően akkor is, ha nem áll fenn bűncselekmény vagy szabálysértés gyanúja. A kórházakba őrző-védő feladattal katonákat is küldhetnek, akik lőfegyveren kívüli kényszerítő eszközöket (testi erő, gumibot, könnygáz, sokkoló, bilincs, kutya) alkalmazhatnak, ha valaki megtámadja vagy szolgálati feladatuk teljesítésében egyéb módon akadályozza őket.