Legközelebbi nyelvrokonnak az egykori, halászó-vadászó életmódot folytató őslakosságnak, az ajnuknak a nyelvét tartották. Számos tudós úgy vélte, hogy a szigetet legkorábban 12-30 ezer évvel ezelőtt népesítették be, és a modern japán nyelv és a lakosság is a kőkorszaki kultúrából származik. Ezen elmélet szerint az ázsiai kontinensről Kr.e. 200 körül érkező bevándorlók hozták be a fémeszközöket, a rizst és új mezőgazdasági technikákat, ami hatással volt a nyelv fejlődésére.

Más szakemberek úgy vélik, hogy a Koreai-félszigetről érkezők sokkal nagyobb hatással voltak a helyiek fejlődésére, jelentős mértékben kiszorították mind az őslakosokat, mint az általuk beszélt nyelveket. A legutóbbi régészeti és génkutatások ez utóbbi elméletet támasztják alá. A Tokiói Egyetem kutatói, Sean Lee és Haszegama Tosikazu a japán nyelv 210 kulcsszavából listát készítettek, és kivetítették a listát 59 különböző dialektusra. A kutatók olyan alapszavakat választottak, mint például a testrészek elnevezése, a számok, a főbb főnevek és névmások.

Számítógépes modellezéssel kimutatták, hogy valamennyi úgynevezett japán nyelv egyetlen közös őstől származik mintegy 2182 évvel ezelőttről - ez az időszak egybeesik a Koreai-félszigetről elindult hatalmas vándorlási hullámmal. A tanulmány a japán nyelv eredetéről a Proceedings of the Royal Society B szaklapban jelent meg.