A Szent Margit Kórház alaptevékenysége korábban az aktív és krónikus fekvőbeteg-ellátás biztosítása volt, ezt kiegészítette a művesekezelés és a járóbeteg-szakellátás. Az intézetnek elsődlegesen a főváros III. kerületi lakosságának fekvőbeteg-szakellátását kellett megoldania. 

Az intézményt 2008 januárjában az egészségügyi reform során a Fővárosi Önkormányzat Szent János Kórház és Észak-budai Egyesített Kórházai elnevezésű  összevont intézménybe integrálták. Önállóságának visszaállítását tavaly júniusban kezdeményezték a budapesti városvezetők, arra hivatkozva, hogy a Semmelweis-terv szerint Budán egy sürgősségi centrumot hoznának létre, a Margit Kórház pedig "nem fér bele a profilba".

A leválasztásig a kórházak állami kézbe adása miatt nem jutott el a főváros, azonban az akkori Nemzeti Erőforrás Minisztériummal (ma Emberi Erőforrások Minisztériuma) kötött megállapodásban rögzítették a szándékot. 

Bús Balázs (Fidesz-KDNP), Óbuda polgármestere hétfői közleményében köszönetét fejezte ki Tarlós István főpolgármesternek és a kormányzatnak, azért, hogy lehetővé teszik a kórház önállósodását. Tájékoztatása szerint az egészségügyi államtitkárság megtette a szükséges lépéseket a leválásért.  

A kerületvezető szerint az intézmény önállósodása egy csaknem hatéves harc lezárása, a hibás egészségügyi átszervezést célzó döntés helyrehozatala. Ezzel - tette hozzá - megoldódik csaknem 200 ezer ember megfelelő színvonalú egészségügyi ellátása.