Hiányosak a patológiai osztály működésére vonatkozó előírások, az elhunytakat egy „kézzel vezetett, bizonytalan adatokat tartalmazó naplóban” regisztrálták, a holttestek beérkezésének és elszállításának dátumát nem tüntették fel, a boncolások ütemezetlenül történtek, a boncterem tisztasága pedig nem felelt meg az egészségügyi követelményeknek – derült ki a Péterfy Sándor utcai kórház belső vizsgálata során.

Az intézmény azért mérte fel a patológiai osztály működésének részleteit, mert augusztus végén ott két, méltatlan körülmények között tárolt és nem nyilvántartott holttestet és testrészeket találtak, miután távozott a kórház boncmestere és boncsegédje. Az ügyben büntetőeljárás is indult, amely során a rendőrség azonosította az elhunytakat és megállapította, a testrészeket vélhetően engedély nélküli egészségügyi kutatásokhoz gyűjtötte a volt boncmester.

A belső vizsgálat a fentiek mellett megállapította azt is, hogy a kórház korábbi vezetése előtt a halottkezeléssel kapcsolatos problémák ismertek voltak, azonban azok kiküszöbölésére intézkedést nem tettek, a teljes dokumentációt megküldték a Nemzeti Nyomozó Irodának.

Egy időben azzal, hogy az Országos Kórházi Főigazgatóság közleménye megjelent az MTI-n, feltűnt a Belügyminisztérium tájékoztatása is a témában. Eszerint Pintér Sándor szeptember elején „elrendelte az állami egészségügyi ellátó rendszerben a patológiai feladatokat ellátó osztályok ellenőrzését”, amely során többek között az adminisztrációt, a higiénés szabályokat, valamint a halottkezelésre vonatkozó előírások betartását vizsgálták. A Belügyminisztérium megbízásából végzett ellenőrzések azonban „intézkedést igénylő hiányosságot nem tártak fel”.