Mindkét név a görög mitológiából származik: Stüx az élők és a holtak birodalmát elválasztó határfolyó, Cerberus a három lábú kutyának a neve, amely az alvilág kapuját őrizte. 

A neveket az év elején internetes szavazással lehetett kiválasztani. A szavazáson azonban nem ez a két név győzedelmeskedett, csak a második és harmadik helyre kerültek. A legtöbb szavazatot a római mitológia tűz istenének, Vulcanusnak a nevéből származó Vulkán kapta, amelyet az Enterprise csillaghajó James T. Kirk kapitányaként ismertté vált William Shatner színész javasolt, és a sorozat több tízezer rajongója támogatott. A végső döntést a névadásról a Nemzetközi Csillagászati Unió hozta meg, amely nem támogatta a Vulkán nevet, arra hivatkozva, hogy a csillagászatban már foglalt ez a név, és a Plutónak nincs köze a római mitológia istenéhez. 

A Plútónak öt holdja van, háromnak már volt neve, az egyik Káronnak, Hádész, az alvilág istene révészének a nevét viseli; egy másikat Nüxről, az éjszaka istennőjéről nevezték el; a harmadik a mitológiai vízi kígyó, Hidra után kapta a nevét.

A két most elnevezett hold, amelyeket az utóbbi években fedeztek fel, eddig a P4 és a P5 jelölésre hallgattak. Átmérőjük 24-32 kilométer. A Plútó sokáig bolygónak minősült, 2006-ban azonban a Nemzetközi Csillagászati Unió (IAU) prágai konferenciáján részt vevő csillagászok úgy döntöttek, hogy az 1930-ban fölfedezett égitest nem bolygó többé, hanem csupán kisbolygó.