Bár a Baranya Megyei Bíróság májusban még úgy találta, hogy a főigazgatót szabálytalanul, alapos ok nélkül mentették fel tisztségéből, és a Pécs2010 Menedzsment Központot 9 millió forint és kamatai megfizetésére kötelezte, a táblabíróság ezzel ellentétes döntést hozott. Ez egyben azt is jelenti, hogy a volt vezetőnek kell megfizetnie a több mint 1,7 millió forintos perköltséget. Mészáros Andrást 2008. október 9-én menesztette a pécsi közgyűlés. A lépés indokaként a bizalomvesztést, a beruházások késlekedését, a szponzorációs bevételek elmaradását és azt hozták fel, hogy Pécs nem tudott kilépni az EKF-előkészületekhez köthető "negatív hírspirálból". 

Az első fokon eljáró megyei bíróság szerint a programról megjelent negatív hírek mennyisége nem volt "elviselhetetlen mértékű". Mészáros András személyes kapcsolatai nem hátráltatták a projektek előkészületeit, s a szponzorációs összegek elmaradásában sem volt szerepe. Akkor a programterv ugyanis még nem állt össze, így ahhoz szponzorokat sem igen lehetett szerezni. 

Mészáros András szerződése 2010. december 31-ig szólt, ennek alapján eredetileg 40,5 millió forint kártérítésre tartott volna igényt, ebből a bíróság 9 millió forintot tartott jogosnak. A volt főigazgató 2009. május 22-én ugyanis új munkahelyet talált, ahol a korábbival megegyező fizetése van, így ettől kezdve kár nem érte. Az ítélőtábla Lábady Tamás vezette polgári tanácsa azonban úgy ítélte meg, hogy a munkáltatónak megrendült a bizalma Mészáros Andrásban, ez pedig alapos oknak tekinthető egy megbízási szerződés felmondására. A bíró utalt rá, hogy egy megbízási szerződés esetén a megbízottnak a megbízó érdekeinek megfelelően kell eljárnia, a felmondás jogát nemcsak a megbízott szerződésszegése esetén, hanem szubjektív hivatkozással is gyakorolni lehet.

A bíró rámutatott, hogy Mészáros András ugyan nem szegett szerződést, ugyanakkor már annak felmondása előtt kifogásokat fogalmaztak meg vele szemben. Lábady Tamás úgy ítélte meg, egy olyan kiemelt, az Európai Unió által támogatott program során, mint az EKF, a főigazgatónak fokozott kompromisszumkészséget kellett volna tanúsítania az együttműködésben az abban részt vevő hatóságokkal és szervezetekkel. Munkája során azonban ezzel ellentétes folyamatok bontakoztak ki. Példaként hozta fel, hogy nem sikerült jó kapcsolatot kialakítania a művészeti igazgatóval, a művészeti tanáccsal, a polgármesteri kabinettel. Nem volt párbeszéd közte és a helyi értelmiség között, s olyanok is elfordultak a programtól, akiknek az elindításban sokat köszönhettek.
Lábady Tamás szerint Mészáros András munkáját nyitottabb irányításnak, kompromisszumkészebb vezetési stílusnak, szolgálatnak és partnerségnek kellett volna jellemeznie, a konfliktusok kezelése helyett azonban újabb konfliktusokat okozott. 

Az ítélőtábla megállapította, hogy a kezdeti támogatás után általános bizalomvesztés alakult ki Mészáros Andrással szemben, s az felmondási ok lehetett. Az alperes menedzsmentközpontnak ezért nincs kártérítési felelőssége az ügyben. Mészáros András a határozathirdetést követően azt mondta, hogy furcsállja a két egymásnak ellentmondó ítéletet és felülvizsgálati kérelemmel a Legfelsőbb Bírósághoz fordul. Emellett létrehoz egy internetes oldalt, amelyen az ügy általa birtokolt össze dokumentumát elérhetővé teszi az érdeklődők számára.