Nehéz követni a Széchenyi-terv keretében megvalósult egyes beruházások utóéletét; az sem lehet ma még tudni, hogy valaki utólag törölt-e ezekből az adatbázisokból. A miniszter közölte, hogy azokat az ügyeket vizsgálják különösen, amelyeknél felmerülhet a támogatás átvevői esetében csalás, sikkasztás, a kifizető részéről pedig a hanyag vagy hűtlen kezelés gyanúja.

Kóka János kérdésre válaszolva úgy fogalmazott: "az ügykövetés esélyét jelentősen csökkenti az a körülmény, hogy úgy tűnik, hogy a dokumentáció, a számítógépes adatbázisok, illetve a nyilvántartások enyhén szólva hiányosak". Szerinte azt még nem lehet tudni, hogy az adatfelvétel már keletkezésekor is hiányos volt-e vagy "netán valaki ezekből az adatbázisokból utólag törölt".

Egy három évvel ezelőtti  állami számvevőszéki vizsgálat eredményével kapcsolatban - amely a Széchenyi terv kifizetéseit vizsgálta - úgy fogalmazott, hogy ennek az eredményét tanulmányozzák. Közölte: "az ÁSZ figyelmét fel fogjuk hívni azokra az anomáliákra, amelyeket a számvevőszék vizsgálatával szemben megtaláltunk". 
 
A gazdasági miniszter március 19-én jelentette be, hogy vizsgálatot rendelt el azzal a 27,7 milliárd forinttal kapcsolatban, amit a Széchenyi-terv keretében 2002 április-májusában, az Orbán-kormány idején, de már az elvesztett parlamenti választások ismeretében ítéltek oda.
   
Az akkori bejelentés szerint sejteni lehetett, hogy a közpénzeket nem csak vállalkozásfejlesztési célra fordították, hanem ebből részben bűnözői csoportoknak is juttattak. Mint a miniszter elmondta, egy bejelentés kapcsán értesült arról, hogy egy felszámolás alatt álló vélhetően bűnözői érdekeltségű társaság 2002 április-májusában 87,7 millió forint támogatást kapott törvénytelenül, a Széchenyi-terv program keretében.