Az államháztartás működési rendjét szabályozó kormányrendelet tartalmazza az uniós támogatások szabályait is. Ezek között az előlegfizetés indokolt esetekre fenntartott, kivételes lehetőségként jelent meg. Az irányító hatóság vezetője a pénzügyminiszterrel egyetértésben engedélyezhette az előleget, majd azt bele kellett foglalni a támogatási szerződésbe is. A szerdától hatályos új szabály kimondja, hogy a 2007-2013. közti programozási időszakban automatikusan jár az előleg, azonban nem haladhatja meg a 300 millió forintot. A legkisebb aránya a megítélt támogatás negyede, de - a programoktól függően - felmehet 35, illetve 40 százalékra is.

Viszont a 25 százalék feletti előleg kifizetéséhez meg kell szerezni a pénzügyminiszter egyetértését, aki egyetérthet a rendelet szerinti felső előleg-arány emelésével is. Az előleg több részletben is fizethető. A következő fázis az időközi kifizetés. Erre sor kerülhet akkor is, ha a támogatott az előleggel még nem számolt el. A záróegyenleg fizetésre viszont csak a tételes elszámolást tartalmazó zárójelentés alapján kerülhet sor. Az új szabályokat a folyamatban lévő ügyekre is alkalmazni kell.