George Bush amerikai elnök vonakodva, de elfogadta Boltonnak azt a döntését, hogy ne hosszabbítsák meg az amerikai kongresszus mostani ülésszakának végén (vagyis valószínűleg a hét végén) lejáró ideiglenes nagyköveti mandátumát - tette hozzá Dana Perino szóvivő. Az elnök ezért végleg lemondott arról, hogy megszerezze a hosszabbításhoz a szenátus támogatását.

Bush november 9-én, még a félidős kongresszusi választások előtt jelölte újra Bolton a tisztségre. Noha a választások eredményeképpen az új ülésszak januári kezdetétől már a felsőházban is a demokrata pártiak kerülnek szavazattöbbségbe, nem lesz meg a 60 százalékos többségük ahhoz, hogy a teljes szenátusi voksoláson leszavazzák Boltont. Viszont obstrukcióval, vagyis a jelölésről szóló vita elnyújtásával meg tudják akadályozni, hogy az ügy eljusson a szavazásig. A fehér házi szóvivő szerint ez az obstrukció sikerült is a külügyi bizottság demokrata párti tagjainak ellenkezése miatt.

Az elnök 2005 augusztusában határozattal tette meg a neokonzervatív politikust nagykövetnek, mert nem tudta kivédeni az ellenzéki demokrata párti és az egyik republikánus párti szenátor gáncsoló manővereit. Bush kihasználta a szenátusi ülésszak egyik szünetét, a szenátorok távollétére hivatkozva nevezte ki Boltont határozattal nagykövetnek. Ilyen határozattal azonban csak az éppen hivatalban lévő törvényhozás idejére lehet kinevezni a nagykövetet, a hosszabbításhoz annak lejártakor már mindenképpen kell a szenátus jóváhagyása.

Boltont a Republikánus Párt sorain belül is sokan bírálják. Becsmérlői szerint nehéz természetű, nem tudja jól képviselni az ország érdekeit a világszervezetben. Felhánytorgatják neki, hogy állandóan kritizálja az ENSZ-t, és lekicsinyeli a nemzetközi együttműködést. Állítólag amikor a külügyminisztériumban dolgozott, olyan elemzéseket zsarolt ki az elemzőktől, amelyek az ő "héja" nézeteit támasztották alá.