A repülőtéren II. Abdalláh jordániai király fogadta a katolikus egyházfőt, megkérve őt, hogy látogatásával kezdjen új párbeszédet a keresztények és a muzulmánok között, és segítse elő az izraeli-palesztin konfliktus rendezését.
 
XVI. Benedek válaszában hangoztatta, hogy mélységes tisztelettel adózik a muzulmán közösség iránt. A pápa még római indulása előtt arról beszélt, hogy a római katolikus egyház nem politikai hatalom, hanem szellemi, s mint ilyen, remélhetőleg hozzájárulhat a békéhez a palesztinok és az izraeliek között. 
  
A katolikus egyház feje 2006. szeptember 12-én egy kijelentésével nagy felháborodást váltott ki a muzulmán világban. Egy beszédben II. (Paleolog) Mánuel XIV-XV. századi bizánci császár egyik könyvét idézte, amelyben a császár egy perzsa muzulmán tudóssal folytatott párbeszédét ismertetve kijelenti: Mohamed próféta - akit a muzulmánok vallásalapítóként tisztelnek - csak gonoszságot és embertelenséget terjesztett. 
  
A pápa később kifejtette, sajnálja, hogy beszéde ilyen hatást váltott ki, s az elmondott idézett nem tükrözi véleményét. Szavai ugyanakkor továbbra is bírálatokat váltanak ki a muzulmánok egy részéből.
  
A pápa nyolc napig tartó, május 15-ig tartó útja során Jordániát, Izraelt és az egyik palesztin területet, Ciszjordániát keresi föl. Jordánia mintegy 5,8 milliós lakosságának négy százaléka keresztény.