A müncheni jelenkor-történeti kutatóintézet (IfZ) kutatása alapján a Dr. Oetker már a második világháború előtti nagy hadiipari fejlesztések időszakában is a náci rendszer haszonélvezője volt, mert bekerült a hadsereg legnagyobb élelmiszeripari beszállítói közé. 1939 után pedig mindig hozzáfért az egyre szűkösebb nyersanyagforrásokhoz, termékeit így megszakítás nélkül forgalmazhatta, és a márka népszerűsége töretlenül emelkedett a háború éveiben.  

Az Oetker család profitált az árjásításból, a zsidóként megbélyegzett személyek vagyonának és vállalkozásainak kisajátításából is. Számos cégben szereztek tulajdonrészt, köztük olyanokban, amelyeknek új tulajdonosai kényszermunkásokat dolgoztattak. Ez a Dr. Oetker üzemeiben nemigen fordult elő, de csak azért, mert túlnyomórészt nőket alkalmaztak, és ezért nem volt gond a munkaerő biztosítása. 

Az 1891-ben alapított vállalkozás annak révén került az előnyben részesített cégek közé a náci rezsim idején, hogy a fő tulajdonos Richard Kaselowsky - az első világháborúban elesett Rudolf Oetker özvegyének második férje - kezdettől fogva jó kapcsolatokat ápolt a rendszer legbefolyásosabb vezetőivel. Alig néhány hónappal Hitler kancellári kinevezése után, 1933 májusában belépett az NSDAP-ba - a náci pártba -, és hamar bekerült Heinrich Himmler baráti körébe.

A német sajtóban kedden ismertetett tanulmány szerint Kaselowsky nem volt antiszemita, de nem is csupán haszonlesésből csatlakozott a nácikhoz. Felfogása a világról a legtöbb ponton egyezett a nemzetiszocialista ideológiával, és haláláig hű maradt a rendszerhez. Munkájának vezérelve az volt, hogy "ami jó a Dr. Oetkernek, nem lehet rossz a nemzetiszocialista közösségnek" - emelte ki a tanulmányból a Süddeutshce Zeitung. Az iparmágnás és a nácik kapcsolatának jellemző eleme, hogy a vállalat 1937-ben elnyerte a "nemzetiszocialista mintavállalat" címet, Kaselowsky pedig a Hitler által személyesen kiválasztott díszvendégek között foglalhatott helyet az NSDAP kongresszusán.  

A cég következő vezetője, Rudolf-August Oetker 1941-től dolgozott a családi vállalkozásban. Ő nemcsak a pártba lépett be, hanem önként csatlakozott az SS-hez. Az egyebek között a haláltáborokat működtető katonai szervezetben tartalékos tiszti rangot szerzett. Az Oetker-csoport irányítását nevelőapja 1944-ben bekövetkezett halála után vette át. A háború után eljárás indult ellene náci múltja miatt, de 1947-ben felmentették. Fia szerint a rendszer bukása után sem szakított az eszmével. "Az édesapám nemzetiszocialista volt" - mondta a Die Zeit című hetilapban megjelent interjúban August Oetker, aki 1981 és 2009 között vezette a céget.  

A Dr. Oetker ugyan 2000-ben jelentős összeget fizetett be a kényszermunkások anyagi kárpótlását szolgáló jóvátételi alapba, de Rudolf-August Oetker nem volt hajlandó hozzájárulni ahhoz, hogy feltárják és nyilvánosságra hozzák a cég és a nácizmus kapcsolatát. 

Rudolf-August Oetker 2007-ben halt meg. A kutatást August Oetker kezdeményezésére indították. A család támogatása nem volt egyöntetű, a nyolc testvér közül többen úgy vélték, hogy az IfZ tanulmánya csak rontja majd apjuk jóhírét.