A testület június 12-én hallgatta meg a Vám- és Pénzügyőrség Országos Parancsnokságának (VPOP) vezetőit, akik beszámoltak az alapítvány vezetői ellen milliárdos csalás gyanújával folyó vizsgálatról. Az ülés jegyzőkönyvét 30 napra titkosították. A jegyzőkönyv szerint Nagy János, a vám- és pénzügyőrség országos parancsnoka a bizottság előtt azt mondta: a visszaélés gyanúját a vám- és pénzügyőrség belső kockázatelemzése jelezte a
Közép-magyarországi Regionális Parancsnokságnak, és a parancsnokság ez alapján rendelt el hatósági vizsgálatot a múlt év őszén. 
   
A parancsnokság lekérdezte az alapítvánnyal összefüggő valamennyi eljárást, és megállapította, hogy az uniós csatlakozást követően összesen 175 alkalommal történt szabad forgalomba bocsátás, összesen 1.398 milliárd forint vámértéken, emiatt azonban közteher kiszabása egyetlen esetben sem történt meg. A nyomozást április 12-én rendelték el különösen nagy értékű vámárura elkövetett csempészet bűntett megalapozott gyanúja miatt, és másnap házkutatást is tartottak. A nyomozás adatai alapján megalapozott gyanú merült fel arra, hogy Földesi-Szabó László, az alapítvány elnöke, valamint Pongó Sándor, a Herba Hungary Zrt. elnökének irányítása mellett, az EU-csatlakozást követő időszakban 1.327 milliárd forint értékben valótlan nyilatkozatot tettek a
vámhatóság előtt a vámterhek megfizetésének elkerülése céljából. 
   
A közel 8.500 tonnányi árut azonnal a Herba-csoport által működtetett raktárakban helyezték el, majd később jelentős forgalmat lebonyolító üzletláncokhoz került. A vonatkozó jogszabályok alapján az alapítvány ezeket az árukat semmilyen típusú értékesítésre nem adhatta volna át; ha ezt megtette volna, a közterheket azonnal meg kellett volna fizetni. Ezzel az üggyel párhuzamosan újabb nyomozást rendeltek el csempészet gyanúja miatt ismeretlen tettes ellen, ugyanis a Herba-Trans Kft-nek 2007. március 13. és április 27. közötti időszakban 11 különféle élelmiszerszállítmány érkezett a Távol-Keletről, összesen 71 millió forint értékben.

Ezeket az árukat magánvámraktárakban raktározták. A fővámhivatal vizsgálata azonban megállapította, hogy a tárolt, nem közösségi áruk csak részben vagy egyáltalán nem voltak megtalálhatók a vámraktárban. A két
büntetőügyet később egyesítették. Nagy János azt is elmondta, a nyomozás során felmerült a kérdés,
hogy "esetleg itt egy fedőcégbe botlottunk-e", de ezt a hivatali csatornákon keresztül tisztázták, és folytatták az eljárást. A vám- és pénzügyőrség parancsnoka hozzátette, az Nemzetbiztonsági Hivatal (NBH) vezetőivel rendszeresek a találkozók: egyszer a főigazgató - nem emiatt az ügy miatt - felkereste hivatalában, és szóba került az alapítvány ügye is. Akkor Nagy János tájékoztatta Galambos Lajost, hogy jogsértés történt, az eljárást pedig folytatták. 
   
Nagy János hozzátette: Galambos Lajos főigazgató - aki azóta lemondott tisztségéről - nem indokolta különösképpen, miért érdeklődik az alapítvány ügye után. "Tudtuk, hogy az NBH egyik főosztályvezetője kuratóriumi tag az alapítványnál. Tehát én gondoltam, hogy ezen keresztül mindenképpen érintett a hivatal,
ezért nem tartottam furcsának, hogy érdeklődik az ügy állása iránt, hogy milyen kimenetele várható az ügynek, hogy ebből esetleg probléma lehet-e a hivatal számára" - mondta a parancsnok a bizottság előtt. 
   
Kérdésre válaszolva kijelentette, nem tapasztalta, hogy Galambos Lajos megpróbálta volna őt vagy a szervezetet befolyásolni az ügyben. Bencze József, a VPOP akkori rendészet főigazgatója, azóta országos rendőrfőkapitány azt mondta: az NBH megkeresése alapján találkozott Galambos Lajossal. A találkozón a nemzetbiztonsági
vezető jogértelmezési kérdést tett fel az üggyel kapcsolatban, illetve az után érdeklődött, hogy hogyan értékelné a bíróság, ha megtérülne a kár. 
   
"Semmiféle olyan kérés nem merült fel, hogy ebben az ügyben akár ne indítsunk nyomozást vagy bármilyen, a nyomozásra kiható kérdés fel nem merült" - mondta. Hangsúlyozta: Galambos Lajos kiemelte, hogy cég nem a szolgálat fedővállalkozása. Mint Bencze József hozzátette: április 13-án sms-ben tájékoztatta Galambos Lajost a
nyomozás elrendeléséről.