Carnajev ellen összesen 30 pontban, köztük négyrendbeli emberölés és tömeges halált okozó fegyver használata miatt emeltek vádat. A 19 éves, csecsen származású amerikai állampolgár szerdán először jelent meg a bíróság előtt és találkozott az áldozatok hozzátartozóival.

Dzsohar Carnajev a vád szerint bátyjával, a 26 éves Tamerlannal együtt követte el a kettős robbantást, amelynek következtében három ember meghalt és több mint 260-an megsebesültek. A terrortámadást két kuktafazékba szerelt, távirányítású pokolgéppel hajtották végre. A fivérek negyedik áldozata egy rendőr volt, akit négy nappal később lőttek agyon. 

A Szövetségi Nyomozó Iroda (FBI) április 18-án tette közzé a két fivérről a robbantás közelében biztonsági kamerák által készített felvételeket. A Carnajev-testvérek még aznap este tűzharcba keveredtek a rendőrökkel. 

Tamerlan Carnajev belehalt az összetűzés során kapott sebekbe, valamint abba, hogy az öccse egy elrabolt terepjáróval áthajtott rajta. Az ifjabbik Carnajevet, aki a rendőrökkel vívott tűzharcban súlyosan megsebesült, április 19-i elfogása óta börtönkórházban kezelték. Egy nála talált feljegyzésben a muszlimokkal szemben alkalmazott amerikai erőszakkal indokolta a merényletet.

Az idősebb Carnajev szerepelt a terroristagyanús személyek nyilvántartásában, mert az oroszok két alkalommal is figyelmeztették az amerikai hatóságokat, hogy iszlamista szélsőséges lehet. A vádirat nem tett említést arról, hogy a két fivérnek kapcsolatai lettek volna terrorszervezetekkel, de arra rámutatott, hogy a bombakészítéshez szükséges információkat az internetről gyűjtötték össze, és a világhálónak szerepe volt a  radikalizálódásukban. A bombákhoz használt 3,6 kilogrammnyi robbanóanyagot New Hampshire államban vásárolt petárdákból nyerték. 

Dzsohar Carnajev mintegy tízévi amerikai tartózkodás után, tavaly szeptember 11-én kapta meg az amerikai állampolgárságot. Testvérét csak május 10-én tudták eltemetni a Virginia állambeli Doswell muszlim temetőjében, mert addig sehol nem akart számára senki sírhelyet biztosítani.