Az ÁSZ megállapítása szerint a 2004-2006-os időszakban az EU-források összehangolt felhasználására nem készült egységes nemzeti stratégia, a hazai és uniós források összehangolásából eredő szinergikus hatások kevésbé érvényesültek. Ez alól kivétel a környezetvédelem és a közlekedési infrastruktúrafejlesztés.

A számvevők szerint az egyes támogatások monitoringjának eltérő eredményessége és hatékonysága abban mutatkozott meg, hogy változó volt a lebonyolítási folyamatok időtúllépésekor és a tervtől való eltérésekor szükséges beavatkozások hatása. Nem tudták a támogatásközvetítési folyamat időszükségletét a jogszabályokban előírt keretek között tartani. Költségtúllépések miatt lecsökkent egyes ISPA- illetve Kohéziós Alap projektek EU-támogatási aránya, ami költségvetési és önkormányzati többletráfordítást igényel.

Az ÁSZ utal arra, hogy 2006 júliusától az intézményrendszer 57 százalékát átszervezték, az átalakítás mértéke a strukturális alapok és a Kohéziós Alap forrásait közvetítő intézményrendszerben elérte a 73 százalékot. Az átalakítás elhúzódása negatívan hatott a monitoring és ellenőrzés feltételeinek folyamatos fenntartására. Az intézményi átalakításokból fakadó bizonytalanságok hatásaként nőtt a kifizetések időszükséglete.

A támogatások hasznosulását nyomon követő egységes jelentési rendszer hiánya hátráltatta az uniós források felhasználásának áttekinthetőségét - mutat rá az ÁSZ vizsgálata. Az értékeléseket nem támogatta egységes informatikai rendszer. A jelentésekben az adatbázisokból készített statisztikák alapján levont következtetés nem minden esetben volt megalapozott.

Az ÁSZ szerint az egyes ellenőrzési rendszerek eredményességében mutatkozó eltérések a módszertan alkalmazásának hiányosságaiból, a lebonyolító intézményrendszer ellenőrzési szerveinek instabilitásából és az intézményfejlesztés során az ellenőrzési tevékenység eredményességi és hatékonysági szempontjainak háttérbe szorulásából adódtak.

A 2007-2013-as évek változó feladataihoz a monitoring és ellenőrzési rendszerek működéséhez megfelelő időben módosították a hazai szabályozórendszert, viszont sem a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ), sem a Földművelésügyi és Vidékfejlesztési Minisztérium (FVM) nem készített 2007-ben részletes ütemtervet a felkészülési feladatok ellátására. Ennek hiányában a feladatok végrehajtásának tervszerűsége nem kérhető számon, a pályázók sem tudják felkészülésüket tervezni.

Az ÁSZ javasolta a felkészülési feladatok ütemtervének kidolgozását, a szakmai monitoring és informatikai támogatásának erősítését, a nagyprojekt profil kockázatait figyelembe vevő ellenőrzési eljárások kidolgozását, valamint az intézményi működési költségek elkülönített és megfelelően részletezett nyilvántartásának kialakítását.

A 2006-ra tervezett uniós támogatás meghaladta a 300 milliárd forintot, az ehhez kapcsolódó központi költségvetési társfinanszírozás pedig a 130 milliárd forintot, valamint 170 milliárd forintot meghaladó agrárpiaci és közvetlen termelői támogatás realizálásával számolt az éves költségvetési törvény. A 2007. évi költségvetési törvényben már 470 milliárd forintot meghaladó EU-támogatás és hozzá kapcsolódóan 150 milliárd forint hazai költségvetési társfinanszírozás, valamint az agrárpiaci és közvetlen termelői támogatás területén 190 milliárd forintot elérő támogatás felhasználását tervezték meg.