A magyarországi élelmiszerlánc-felügyeleti díj a Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal tevékenységének fedezésére szolgál; 2014-ig valamennyi élelmiszerlánc-szereplő (az éves árbevétel 0,1 százalékának megfelelő) átalánydíjat fizetett. 2015-ben progresszív díjszerkezetet vezettek be az úgynevezett napi fogyasztási cikkeket árusító üzletek esetében, amelynek mértéke 0–0,1 százalék az alacsony (legfeljebb 50 milliárd HUF, kb. 158 millió EUR közötti) árbevételű üzletek és hat százalék a magas (300 milliárd HUF-ot, kb. 950 millió EUR-t meghaladó) árbevételű üzletek esetében. Napi fogyasztási cikkek alatt a napi szinten használt termékek értendők (például az élelmiszer, a kozmetikai cikkek, a gyógyszerek vagy a háztartási tisztítószerek). Az élelmiszerlánc-felügyeleti díj kedvez továbbá bizonyos üzleti modelleknek is – a franchise-átvevőknek az egyéni árbevétel alapján, míg az integrált kiskereskedelmi vállalkozásoknak a teljes forgalmuk után – ami magasabb, mivel több üzlet árbevételét foglalja magában – kell adót fizetniük.
Magyarország nem szolgáltatott bizonyítékot arra nézve, hogy a progresszív díjszerkezet a Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal által az érintett üzletek felügyelete kapcsán viselt költségekben mutatkozó hasonló progresszív sémának felel meg. Valójában semmi sem bizonyítja, hogy a hatszázalékos díjmérték alá tartozó nagyobb üzletek felügyeletével járó költségek 60-szor magasabbak lennének, mint a 0,1%-os díjmérték alá tartozó kisebb üzletek felügyelete kapcsán viselt költségek. Magyarország ezért nem bizonyította meggyőzően, hogy a felügyeleti díj logikája indokolná a progresszív díjszerkezetet. 2015 novemberében a Magyar Országgyűlés eltörölte a progresszív díjszerkezetet, és újra bevezette a valamennyi élelmiszerlánc-szereplőre egységesen alkalmazandó 0,1%-os átalánydíjat. E rendelkezések 2015. december 27-én léptek hatályba, és a bevezetésük eloszlatta a Bizottság állami támogatással kapcsolatos aggályait.
*

2015. február 1-jén új magyar jogszabály lépett életbe, amely egy „egészségügyi hozzájárulásnak” nevezett adót vet ki a dohánytermékek Magyarországon történő előállításából és kereskedelméből származó éves árbevételre. Ez az új adó az adóraktárak engedélyesei, valamint a dohánytermékek importőrei vagy bejegyzett kereskedői esetében alkalmazandó. Az adómérték progresszív: az alacsony (legfeljebb 30 milliárd HUF, kb. 95 millió EUR összegű) árbevétellel rendelkező vállalkozások mindössze az árbevétel 0,2 százalékának, míg a magasabb (60 milliárd HUF-ot, kb. 190 millió EUR-t meghaladó) árbevétellel rendelkező vállalkozások az árbevétel 4,5 százalékának megfelelő összegű adót kötelesek fizetni.
Magyarország nem támasztotta alá bizonyítékokkal, hogy a dohánytermékek egészségügyre gyakorolt hatása arányosan növekszik az e termékeket értékesítő vállalkozások árbevételével, vagy hogy a valamely gyártó által értékesített első doboz cigaretta egészségre gyakorolt hatása nagyobb, mint az ugyanazon gyártó által értékesített utolsó doboz cigarettáé. Következésképpen a Bizottság megállapította, hogy a progresszív díjmérték a jellegénél fogva nem indokolt, és az adórendszer általános szerkezete nem összeegyeztethető a belső piaccal.
Ugyancsak az adótermékekre kivetett adóval összefüggésben, amennyiben a vállalkozás bizonyos támogatható beruházásokat hajt végre, legfeljebb 80 százalékkal csökkentheti a jogszabályból fakadó kötelezettségét. A Bizottság megállapította, hogy az ilyen levonás, amelyre csak egyes vállalkozásoknak van módjuk, nem összeegyeztethető azzal az egészségügyi vonatkozású célkitűzéssel, amelyet Magyarország a hozzájárulás bevezetésével kívánt elérni. Az olyan beruházások, amelyek a jellegüknél fogva a dohányipari vállalkozások termelésének és kereskedelmi kapacitásának növelésére irányulnak, valójában nem csökkentik az egészségkárosodást (ami az egészségügyi hozzájárulás kifejezett célja lenne), hanem éppen növelik.