A Stanford Egyetem professzora a bírák nyugdíjkorhatárának csökkentését, a jegybank függetlenségének megszüntetését, a médiahatóság politikai ellenőrzését, a választási rendszer Fidesznek kedvező megváltoztatását, valamint azt emelte ki az intézményi rendszer leépítéséből, hogy az alaptörvény a törvényhozás ellenőrző hatalmát is csökkenti a költségvetés felett.

Kovács Zoltán kommunikációért felelős államtitkár válaszlevelében azt közölte, hogy a filozófus érvelései "pontatlanok voltak". Kiemelte, hogy az új alaptörvény az alkotmánybírák korhatárához nem nyúlt hozzá, valamint felhívta Fukuyama figyelmét arra is, hogy az Európai Bizottság előtt még nincs lezárva van a jegybank függetlenségi ügye.

Az új választási törvényt ért kritikákat részletesen cáfolja az államtitkár levelében. A törvény megváltoztatása "a Fidesz javára" szerinte egyáltalán nem helytálló megfogalmazás. A 2010-es választásokkal kapcsolatban felhívja a filozófus figyelmét arra, hogy itthon is "a győztes mindent visz" elve érvényesült - ugyanúgy, ahogy Angliában vagy az Egyesült Államokban lenni szokott. Vagyis a Fidesz 53%-át nyerte meg a leadott szavazatoknak, valamint 176 egyéni választókerületből 173-ban az ő jelöltjük győzedelmeskedett.

Kovács Zoltán fontosnak tartotta megjegyezni, hogy a demokráciában nem a sajátos választási rendszer, hanem a polgárok döntenek a szavazásokon.