Az 57 országot tömörítő Iszlám Együttműködés Szervezete (OIC), valamint a kairói al-Azhar egyetem, az iszlám szunnita ágának legfontosabb teológiai központja is ebben a szellemben foglalt állást az új pápa megválasztása után egy nappal.

Az OIC főtitkára, a török Ekmeleddin Ihsanoglu reményét fejezte ki, hogy "szívélyessé és barátságossá válnak az iszlám és a kereszténység közötti kapcsolatok". "Ebben a történelmi pillanatban az OIC megismétli az iszlám és a kereszténység közötti történelmi megbékélésre irányuló, nyolc éve megfogalmazott javaslatát" – áll a dzsiddai székhelyű szervezet közleményében.

Mahmúd Azab, Ahmed at-Tajjebnek, a kairói al-Azhar egyetem rektorának vallásközi ügyekben illetékes tanácsadója szintén reményét fejezte ki, hogy az emberiség javára javulni fognak a kapcsolatok a Vatikánnal az új pápa megválasztása után. Azab ugyanakkor értésre adta, hogy a tetteiről ítélik majd meg az új pápát. "Mihelyt megjelenik az új irány, visszatérünk a Vatikánnal 2011 eleje óta felfüggesztett párbeszédre" – hangsúlyozta.

Ferenc pápa elődjének, XVI. Benedeknek problémái voltak a muzulmánokkal való kapcsolatokban a regensburgi egyetemen 2006 szeptemberében elmondott beszéde után, amelyet úgy értelmeztek, hogy összekapcsolta az iszlámot az erőszakkal. Beszéde tömegtüntetéseket váltott ki a muzulmán világban. Az egyházfő többször is sajnálkozását fejezte ki, és azt hangoztatta, hogy félreértették az általa mondottakat.