Több mint öt órán át tartó ügyrendi és politikai vita, továbbá az érintett meghallgatása után döntött úgy a nagykanizsai közgyűlés, hogy kétéves működése után azonnali hatállyal megszünteti a nagykanizsai kórház főigazgatójának közalkalmazotti jogviszonyát. A döntést titkos szavazással hozta meg a testület, a polgármester és 25 képviselő közül 16-an szavaztak, közülük 14 voksolt a leváltás mellett, kettő ellene.

A nyolc pontban összefoglalt indoklás egyebek mellett arra tér ki, hogy a kórház vezetője több alkalommal is megtévesztette a közgyűlést, olyan szerződéseket kötött, amelyek mögött nem volt teljesítés, de kifizetések mégis történtek, továbbá fedezet nélküli kötelezettséget vállalt.

Kovács József eltávolítását kezdeményezve Bárdosi Gábor MSZP-s képviselő nyújtott be javaslatot, részben arra a vizsgálóbizottsági jelentésre alapozva, amelyet az elmúlt hónapokban állítottak össze. A képviselők egy része szabálytalannak vélt szerződéskötések miatt vonta kérdőre a főigazgatót, továbbá személyét hibáztatták azért, mert az elmúlt két év alatt számos orvos távozott az intézményből. Marton István polgármester az ülésen azt is bejelentette: az eljárás során derült ki, hogy a főigazgató két évvel ezelőtti, öt esztendőre szóló kinevezése nem volt szabályos. 

Kovács József közleményében úgy fogalmazott: a leváltás ténye nem lepte meg, "mert már régóta, hosszasan készítették elő a szocialista képviselők". Állítása szerint a felmentésének indokai "kórházi dolgozó által kicsempészett" munkaanyagokra épülnek. Közleményében leírta, hogy nem értelmezhető eltávolításának indoka, a nem megfelelő munkavégzés a kórház "kiemelkedően sikeres működése miatt". Ennek alátámasztására a reform pontos végrehajtását, sürgősségi osztály önerőből történt kialakítását, pályázatok készítését, új egészségügyi feladatok meghonosítását és az intézmény "kiemelkedően stabil gazdálkodását" jelölte meg egyebek mellett.

Kovács József kifejtette: meglátása szerint a felmentési procedúrát hosszasan készítették elő, már két évvel ezelőtti pályázatának beadásakor "igyekeztek megakadályozni, kiejteni", később sajtónyilatkozatokkal lejáratni. Eredménytelen rendőrségi nyomozások és végül közgyűlési vizsgálat indult ellene - sorolta sérelmeit. Politikai játszma epizódjának tartja a közgyűlési döntést, amely "nem a kórházért, hanem a város fölötti politikai hatalom visszaszerzéséért folyik", amibe "nem fér bele egy fejlődő, jól működő, stabilan gazdálkodó súlyponti kórház képe".

A leváltott főigazgató szerint a felmentés azért is volt sürgető a szocialista képviselők számára, mert a Zala Megyei Bíróságon két szocialista képviselő ellen jó hírnév megsértése miatt polgári pert indított, és kellemetlenné válhatna számukra, ha ezt a pert elveszítenék. Végül kifejtette: bízik abban, hogy "a magyar jog helyre teszi az ilyen szakmailag megalapozatlan döntéseket". 

Kovács József 2007 januárjától vezette a nagykanizsai kórházat, amelynek főigazgatói posztját pályázaton nyerte el. Korábban az egri kórház vezetője volt, erről a posztjáról a Heves Megyei Önkormányzat ugyancsak közgyűlési döntéssel váltotta le, az ennek kapcsán indult perek azonban még nem fejeződtek be.