Brassai Attilát azért vonták felelősségre, mert 2011 novemberében az Európai Parlament (EP) frakcióközi kisebbségi munkacsoportjának meghívására előadást tartott Strasbourgban a MOGYE román többségű vezetősége és a magyar tagozat között kialakult konfliktusról. A Krónika című napilap hétfői tudósításában kiemelte, hogy a marosvásárhelyi törvényszék - egyelőre nem jogerős - ítélete az első, amelyben a bíróság elmarasztalta az egyetemet. 

A Brassai Attila jogi képviseletét ellátó Kincses Előd ügyvéd véleménye szerint sokat nyomott a latban az, hogy az EP kisebbségi munkacsoportjának társelnökei, Francois Alfonsi és Gál Kinga átiratban kifogásolták a marosvásárhelyi egyetem kisebbségellenes gyakorlatát, és felhívták a figyelmet az európai értékek tiszteletben tartására. Brassai Attila - aki az önálló magyar nyelvű állami egyetem létrehozásáért küzdő Bolyai Kezdeményező Bizottság elnöke is - mérsékelt derűlátással nyugtázta az ítéletet. Elmondta, az egyetem román és magyar vezetői közötti megállapodás következtében valamelyest megváltozott a hangulat, de úgy vélte, "a régi reflexek még mindig működnek". 

A MOGYE-n 2011-ben alakult ki éles konfliktus az egyetem román vezetősége és magyar tagozata között, mert az egyetem az intézményi autonómiára hivatkozva nem kívánta életbe léptetni a 2011-ben hatályba lépett oktatási törvény magyar szempontból fontos előírásait. A konfliktus 2012 májusában hozzájárult a jobboldali Ungureanu-kormány bukásához.  

2012 szeptemberében Victor Ponta miniszterelnök jelenlétében kezdődtek meg a tárgyalások az egyetem vezetői és magyar oktatói között. Az ezek eredményeként létrejött hétpontos kompromisszumos megállapodást a magyar tagozat vezetői elfogadták.