Limaj és Thaci az egykori Koszovói Felszabadítási Hadsereg parancsnokai voltak, és a háború után politikai pályára léptek. Limaj a miniszterelnök vezette Koszovói Demokratikus Párt prominens tagja. Azzal vádolták, hogy a háborúban több szerbet is megkínzott és meggyilkolt a hadsereg fogolytáborában.

Limajt 2012 májusában felmentette egy alacsonyabb szintű EULEX-bíróság Pristinában, miután összeomlott a vád a per védett tanúja, Agim Zogaj halála után. Zogajra felakasztva találtak rá a németországi Duisburgban. A német rendőrség vizsgálata szerint a férfi öngyilkos lett.

Zogajt az Európai Unió jogi és igazságügyi missziója biztonsági megfontolásokból küldte Németországba, mivel a férfi családja több fenyegetést is kapott Koszovóban. Az ügyben eljáró bíró érvénytelennek nyilvánította Zogaj naplóját és tanúvallomását. A legfelsőbb bíróság azonban megsemmisítette a bíró döntését és elrendelte a per újratárgyalását.

Malcolm Simons, az EULEX elnöklő bírája kedden kihirdetett ítéletében megállapította: bár tény, hogy legalább hét szerb civilt megöltek a táborban, a vádnak nem sikerült hitelt érdemlően bizonyítania, hogy Limajnak vagy a kilenc másik vádlottnak köze lenne a gyilkosságokhoz.

Rámutatott: Zogaj naplójának nagy részét meghamisították, bizonyos részeit valaki más írta, a férfi vallomása pedig ellentmond egyéb bizonyítékoknak.

Thaci szerint az ítélet rávilágít a "Koszovói Felszabadítási Hadsereg háborújának erkölcsösségére".
Fatmir Limaj ellen először a hágai Nemzetközi Törvényszék emelt vádat háborús bűntények miatt, de a férfinak sikerült tisztáznia magát, és 2005-ben felmentették a vádak alól.

Több mint tízezer ember vesztette életét 1998-1999-ben a koszovói konfliktusban, zömmel albán nemzetiségűek, de szerbek, romák és mások is voltak a halálos áldozatok között.

A NATO légicsapásai vetettek véget a háborúnak 1999-ben, kilenc évvel később, 2008-ban Koszovó egyoldalúan kinyilvánította függetlenségét Szerbiától. Az Európai Unió néhány hónappal a függetlenség kinyilvánítása után hozta létre rendőri és polgári misszióját a balkáni országban.